ĐẶC ĐIỂM CỦA VÙNG GENE trnL VÀ PHÂN TÍCH SỰ PHÁT SINH LOÀI Hoya parasitica (Roxb.) Wall. ex Wight | Tân | TNU Journal of Science and Technology

ĐẶC ĐIỂM CỦA VÙNG GENE trnL VÀ PHÂN TÍCH SỰ PHÁT SINH LOÀI Hoya parasitica (Roxb.) Wall. ex Wight

Thông tin bài báo

Ngày nhận bài: 16/03/23                Ngày hoàn thiện: 18/04/23                Ngày đăng: 20/04/23

Các tác giả

1. Từ Quang Tân Email to author, Trường Đại học Sư phạm - ĐH Thái Nguyên
2. Phạm Thị Thu Hiền, Trường Đại học Sư phạm - ĐH Thái Nguyên

Tóm tắt


Ở thực vật, việc tìm kiếm mã vạch DNA đặc hiệu để định danh loài còn gặp nhiều khó khăn. Một số vùng gene lục lạp đã được nghiên cứu và đề xuất làm chỉ thị DNA sử dụng trong định danh loài. Vùng gene trnL trong hệ gene lục lạp gồm intron trnL(UAA) nằm giữa hai exon trong vùng sao chép đơn lớn và intron trnL(UAA) là vùng siêu biến. Hoya parasitica (Roxb.) Wight) thuộc chi Hoya là cây thảo dược quý. Lá H. parasitica đã được sử dụng để điều trị một số bệnh ở người. Vấn đề đặt ra là có thể sử dụng vùng gene trnL làm mã vạch để nhận diện loài H. parasitica khi các mẫu cây bị biến dạng hoặc ở dạng bột hay không? Nghiên cứu này trình bày kết quả xác định đặc điểm vùng gene trnLbằng phương pháp khuếch đại và giải trình tự nucleotide; phân tích sự tiến hóa phân tử bằng MEGAX; đồng thời đề xuất mã vạch tiềm năng để định danh loài H. parasitica. Kết quả phân lập và giải trình tự nucleotide cho thấy, vùng gene trnL có kích thước là 829 bp. Cây phát sinh gene được xây dựng dựa trên 32 trình tự trnL cho thấy các loài phân bố trong 5 nhóm và mẫu H. parasitica TN1 phân bố cùng một nhóm với H. pubicalyx. Vùng gene trnL được đề xuất là ứng cử viên mã vạch DNA lục lạp tiềm năng phục vụ nhận dạng loài H. parasitica.


Từ khóa


Chỉ thị DNA lục lạp; Hoya parasitica; Cây phát sinh chủng loại; Vùng gene trnL; Intron trnL(UAA)

Toàn văn:

PDF

Tài liệu tham khảo


[1] P. D. N. Hebert, S. Ratnasingham, and J. R. De Waard, “Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergeneces among closely related animals,” Proc Roy Soc London, Ser B, Biol Sci., vol. 270, pp. S96–S99, 2003.

[2] M. W. Chase, R. S. Cowan, P. M. Hollingsworth, C. van den Berg, S. Madrinan, and G. Petersen, “A proposal for a standardized protocol to barcode all land plants,” Taxon, vol. 56, pp. 95-299, 2007.

[3] W. J. Kress and D. L. Erickson, “DNA barcodes: Genes, genomics, and bioinformatics,” Proc Natl Acad Sci USA, vol. 105, pp. 2761-2762, 2008, doi: 10.1073/pnas.0800476105.

[4] P. M. Hollingworth, S. W. Grahm, and D. P. Little, “Choosing and using a plant DNA Barcode,” PLos One., vol. 6, pp. 1-13, 2011, Art. no. e19254.

[5] P. Taberlet, L. Gielly, and G. Pautou, “Universal primers for amplification of three non-coding regions of chloroplast DNA,” Plant Mol Biol., vol. 17, pp. 1105-1109, 1991, doi: 10.1007/BF00037152.

[6] L. Gielly and P. Taberlet, “A phylogeny of European gentians inferred from chloroplast trnL(UAA) intron sequences,” Bot J Linnean Soc., vol. 120, pp. 57-75, 1996.

[7] P. Taberlet, E. Coissac, F. Pompanon, L. Gielly, C. Miquel, A. Valentini, T. Vermat, G. Corthier, C. Brochmann, and E. Willerslev, “Power and limitations of the chloroplast trnL (UAA) intron for plant DNA barcoding,” Nucleic Acids Res., vol. 35, 2007, doi: 10.1093/nar/gkl938.

[8] L. Gielly and P. Taberlet, “The use of chloroplast DNA to resolve phylogenies: noncoding versus rbcL sequences,” Mol Biol Evol., vol. 11, pp. 769-777, 1994.

[9] T. R. Cech, S. H. Damberg, and R. R. Gutell, “Representation of the secondary and tertiary structure of group I introns,” Nat Struct Biol., vol. 1, pp. 273-280, 1994.

[10] T. Borsch, K. W. Hilu, D. Quandt, V. Wilde, C. Neinhuis, and W. Barthlott, “Noncoding plastid trnT–trnF sequences reveal a well resolved phylogeny of basal angiosperms,” J Evol Biol., vol. 16, pp. 558-576, 2003.

[11] H. H. Pham, Plants of Vietnam. Ho Chi Minh City Youth Publishing House, 2003, pp. 473-475.

[12] Danh lục cây thuốc: Hoya parasitica (Roxb.) Wall. ex Wight. Tra cứu dược liệu [Online]. Available: https://tracuuduoclieu.vn/hoya-parasitica-roxb-wall-ex-wight-asclepias-parasitica-roxb.html. [Accessed January 20, 2023].

[13] T. T. H. Pham, T. T. H. Nguyen, T. P. T. Cao, T. N. L. Nguyen, Q. T. Tu, and H. M. Chu, “Morphological and anatomical characteristics of wild and in vitro of Hoya parasitica Wall. ex Wight,” TNU Journal of Science and Technology, vol. 228(01), pp. 401-407, 2023, doi: 10.34238/tnu-jst.6977.

[14] OPS Diagnostics, “CTAB Protocol for Isolating DNA from Plant Tissues,” [Online]. Available: https://opsdiagnostics.com/notes/protocols/ctab_protocol_for_plants.htm#phenolpr. [Accessed August 25, 2022].[15] S. Kumar, G. Stecher, M. Li, C. Knyaz, and K. Tamura, “MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computing platforms,” Molecular Biology and Evolution, vol. 35, pp. 1547-1549, 2018.

[16] K. Tamura and M. Nei, “Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees,” Molecular Biology and Evolution, vol. 10, pp. 512-526. 1993.

[17] J. Felsenstein, “Confidence limits on phylogenies: An approach using the bootstrap,” Evolution, vol. 39, pp. 783-791, 1985.

[18] C. W. Chen, Y. M. Huang, L. Y. Kuo, Q. D. Nguyen, H. T. Luu, J. R. R. Callado, D. R. Farrar, and W. L. Chiou, "trnL-F is a powerful marker for DNA identification of field vittarioid gametophytes (Pteridaceae)," Annals of Botany, vol. 111, pp. 663-673, 2013, doi:10.1093/aob/mct004.

[19] R. Kishor and G. J. Sharma, “The use of the hypervariable P8 region of trnL(UAA) intron for identification of orchid species: Evidence from restriction site polymorphism analysis,” PLoS ONE, vol. 13, 2018, Art. no. e0196680, doi: 10.1371/journal.pone.0196680.

[20] T. T. H. Huynh, T. T. H Nguyen, T. T. H. Le, and D. T. Nguyen, “Analysis of the trnl-trnf gene region on Solanum procumbens Lour (Solanum procumbens Lour.) of Vietnam,” Journal of Biotechnology, vol. 19, pp. 309-319, 2021.

[21] V. C. Hoang, T. H. A. Mai, Q. T. Tu, and M. H. Chu, "Analysis of the chloroplast gene region, rbcL, isolated from Hoya parasitica (Roxb.) Wall. ex Wight plant,” TNU Journal of Science and Technology, vol. 228(01), pp. 474-481, 2023.




DOI: https://doi.org/10.34238/tnu-jst.7539

Các bài báo tham chiếu

  • Hiện tại không có bài báo tham chiếu
Tạp chí Khoa học và Công nghệ - Đại học Thái Nguyên
Phòng 408, 409 - Tòa nhà Điều hành - Đại học Thái Nguyên
Phường Tân Thịnh - Thành phố Thái Nguyên
Điện thoại: 0208 3840 288 - E-mail: jst@tnu.edu.vn
Phát triển trên nền tảng Open Journal Systems
©2018 All Rights Reserved