PHÂN TÍCH SỰ PHÁT SINH CHỦNG LOẠI DỰA TRÊN TRÌNH TỰ psbZ-rps14 VÀ rbcL-accD NHẰM HỖ TRỢ ĐỊNH DANH LOÀI LAN TAI CÁO (Hoya varticillata var varticillata) | Cường | TNU Journal of Science and Technology

PHÂN TÍCH SỰ PHÁT SINH CHỦNG LOẠI DỰA TRÊN TRÌNH TỰ psbZ-rps14 VÀ rbcL-accD NHẰM HỖ TRỢ ĐỊNH DANH LOÀI LAN TAI CÁO (Hoya varticillata var varticillata)

Thông tin bài báo

Ngày nhận bài: 25/08/24                Ngày hoàn thiện: 17/10/24                Ngày đăng: 18/10/24

Các tác giả

1. Hoàng Việt Cường, Trường Đại học Sư phạm - ĐH Thái Nguyên
2. Phạm Thị Thu Hiền, Trường Đại học Sư phạm - ĐH Thái Nguyên
3. Từ Quang Tân, Trường Đại học Sư phạm - ĐH Thái Nguyên
4. Chu Hoàng Mậu Email to author, Trường Đại học Sư phạm - ĐH Thái Nguyên

Tóm tắt


Lan tai cáo (Hoya verticillata var. verticillata) là cây hoa cảnh và cây dược liệu quý, chứa nhiều dược chất có hoạt tính sinh học. Trong y học truyền thống, Lan tai cáo được sử dụng làm thuốc lợi sữa, chữa trị vết thương, gãy xương. Lan tai cáo có hình thái tương tự một số loài thuộc chi Hoya, nên khó nhận diện. Khi rễ, thân, lá thay đổi hình dạng hoặc ở dạng bột do tác động cơ học lại càng khó phân biệt. Mục tiêu của nghiên cứu này là xác định chỉ thị DNA để hỗ trợ định danh loài Lan tai cáo. Sử dụng phương pháp phân tích tiến hoá phân tử, dựa trên trình tự vùng đệm của hệ gene lục lạp có giá trị đa dạng nucleotide cao, cây phát sinh chủng loại thể hiện mối quan hệ di truyền giữa Lan tai cáo với các loài thuộc chi Hoya đã được thiết lập. Phân tích dựa trên trình tự psbZ-rps14 cho thấy Lan tai cáo phân bố cùng nhóm với Hoya carnosa (NC_045868.1) và Hoya meliflua (NC_069571.1), nhưng hệ số bootstrap thấp (76% và 51%. Đối với trình tự rbcL-accD, Lan tai cáo có quan hệ rất gần với Hoya carnosa (NC_045868.1) và Hoya ovalifolia (NC_069563.1) với hệ số bootstrap lần lượt là 96% và 94%. Chỉ thị rbcL-accD trong hệ gene lục lạp là ứng cử viên mã vạch DNA tiềm năng hỗ trợ phân biệt loài Lan tai cáo (H. verticilata var verticillata) với các loài khác trong chi Hoya.

Từ khóa


Hệ gene lục lạp; Hoya verticillate; Tiến hoá phân tử; psbZ-rps14; rbcL-accD

Toàn văn:

PDF

Tài liệu tham khảo


[1] G. Zhang and H. Ma, “Nuclear phylogenomics of angiosperms and insights into their relationships and evolution,” Journal of Integrative Plant Biology, vol. 66, pp. 546-578, 2024.

[2] G. Drouin, H. Daoud, and J. Xia, “Relative rates of synonymous substitutions in the mitochondrial, chloroplast and nuclear genomes of seed plants,” Molecular phylogenetics and evolution, vol. 49, pp. 827-831, 2008.

[3] E. P. Witharana, M. H San, N. U. Jayawardana, N. K. M. Yamamoto, and Y. Nagano, “Cost-Effective Approaches to Elucidate Intergeneric Relationships of Plants: Utilizing Multiple Conserved Nuclear Genes and Whole Chloroplast Genomes,” bioRxiv, 2024, doi: 10.1101/2024.01.15.575800.

[4] L. Gielly and P. Taberlet “The use of chloroplast DNA to resolve plant phylogenies: noncoding versus rbcL sequences,” Molecular biology and evolution, vol. 11, pp. 769-777, 1994.

[5] K.W. Hilu and G. Liang, “The matK gene: sequence variation and application in plant systematics,” American Journal of botany, vol. 84, pp. 830-839, 1997.

[6] W. Dong, J. Liu, J. Yu, L. Wang, and S. Zhou, “Highly variable chloroplast markers for evaluating plant phylogeny at low taxonomic levels and for DNA barcoding,” PLoS One, vol. 7, 2012, Art. no. e35071.

[7] A. O. Uncu, A. T. Uncu, I. Celık, S. Doganlar, and A. Frary, “A Primer to Molecular Phylogenetic Analysis in Plants,” Critical Reviews in Plant Sciences, vol. 34, pp. 454-468, 2015.

[8] K. K. Sarkar, T. Mitra, M. A. Rahman, I. M. Raja, M. Aktaruzzaman, M. A. Abid, M. N. H. Zilani, and D. N. Roy, “In Vivo bioactivities of Hoya parasitica (Wall.) and in silico study against cyclooxygenase enzymes," BioMed Res. Int., vol. 28, 2022, Art. no. 1331758.

[9] V. C. Hoang, T. H. A. Mai, Q. T. Tu, and H. M. Chu, “Analysis of the chloroplast gene region, rbcL, isolated from Hoya parasitica (Roxb.) Wall. ex Wight plant,” TNU Journal of Science and Technology, vol. 228, pp. 474-481, 2023.

[10] W. O. Odago, E. N. Waswa, C. Nanjala, E. S. Mutinda, V. O. Wanga, E. M. Mkala, M. A. Oulo, Y. Wang, C.-F. Zhang, G.-W. Hu, and Q.-F. Wang, “Analysis of the Complete Plastomes of 31 Species of Hoya Group: Insights Into Their Comparative Genomics and Phylogenetic Relationships,” Front. Plant Sci., vol. 12, 2022, Art. no. 814833.

[11] M. Rodda and M. A. Niissalo, “Plastome evolution and organisation in the Hoya group (Apocynaceae),” Sci Rep., vol. 11, 2021, Art. no. 14520.

[12] S. S. Renner, L. Wanntorp, A. Kocyan, and R. van Donkelaar, “Towards a Monophyletic Hoya (Marsdenieae, Apocynaceae): Inferences from the Chloroplast trnL Region and the rbcL-atpB Spacer,” Systematic Botany, vol. 31, pp. 586-596, 2006.

[13] C. V. Hoang, T. Q. Tu, T. T. M. Lo, and M. H. Chu, “Dataset on intergenic spacer regions of chloroplast genome and potential DNA barcode of Hoya varticillata var varticillata in Vietnam,” Data Brief., vol. 54, 2024, Art. no. 110471.

[14] S. Jo, C. H. Mau, T. Q. Tan, H. V. Cuong, C. Lee, N. H. Quan, S. D. Thuong, and N. T. N. Lan, “Hoya verticillata chloroplast, complete genome,” GenBank: OR475244.1. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/OR475244.1. [Accessed August 22, 2024]

[15] K. Tamura, G. Stecher, and S. Kumar, “MEGA11: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 11,” Mol Biol Evol., vol. 38, pp. 3022-3027, 2021.

[16] K. Tamura and M. Nei, “Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees,” Mol Biol Evol., vol. 10, pp. 512-526, 1993.

[17] J. Felsenstein, “Confidence limits on phylogenies: an approach using the bootstrap,” Evolution, vol. 39, pp. 783-791, 1985.

[18] National Center for Biotechnology Information, “GenBank”. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore. [Accessed Jan. 15, 2024].




DOI: https://doi.org/10.34238/tnu-jst.10996

Các bài báo tham chiếu

  • Hiện tại không có bài báo tham chiếu
Tạp chí Khoa học và Công nghệ - Đại học Thái Nguyên
Phòng 408, 409 - Tòa nhà Điều hành - Đại học Thái Nguyên
Phường Tân Thịnh - Thành phố Thái Nguyên
Điện thoại: 0208 3840 288 - E-mail: jst@tnu.edu.vn
Phát triển trên nền tảng Open Journal Systems
©2018 All Rights Reserved