TIỀM NĂNG CHỐNG LẠI TỤ CẦU VÀNG KHÁNG METHICILLIN CỦA JATROPHONE TỪ JATROPHA PODAGRICA THÔNG QUA TƯƠNG TÁC ĐỘNG LỰC PHÂN TỬ VỚI PROTEIN LIÊN KẾT PENICILLIN 2A: NHỮNG HIỂU BIẾT TỪ PHÂN TÍCH HÓA HỌC TÍNH TOÁN

Trần Mạnh Hùng; Trương Phú Chí Hiếu; Ngô Thái Bích Vân; Ngô Huỳnh Thiên Ý; Phạm Trần Vĩnh Phú

doi:10.34238/tnu-jst.11757

TIỀM NĂNG CHỐNG LẠI TỤ CẦU VÀNG KHÁNG METHICILLIN CỦA JATROPHONE TỪ JATROPHA PODAGRICA THÔNG QUA TƯƠNG TÁC ĐỘNG LỰC PHÂN TỬ VỚI PROTEIN LIÊN KẾT PENICILLIN 2A: NHỮNG HIỂU BIẾT TỪ PHÂN TÍCH HÓA HỌC TÍNH TOÁN

Thông tin bài báo

Ngày nhận bài: 21/12/24 Ngày hoàn thiện: 25/03/25 Ngày đăng: 26/03/25

Các tác giả

1. Trần Mạnh Hùng, Trường Y Dược - Đại học Đà Nẵng
2. Trương Phú Chí Hiếu, Trường Y Dược - Đại học Đà Nẵng
3. Ngô Thái Bích Vân, Trường Đại học Bách khoa - Đại học Đà Nẵng
4. Ngô Huỳnh Thiên Ý, Viện Nghiên cứu và Đào tạo Việt Anh - Đại học Đà Nẵng
5. Phạm Trần Vĩnh Phú , Viện Nghiên cứu và Đào tạo Việt Anh - Đại học Đà Nẵng

Tóm tắt

Jatropha podagrica Hook (cây bình rượu) thể hiện hoạt tính kháng khuẩn chống lại nhiều loại vi khuẩn, đặc biệt là các chủng vi khuẩn gây bệnh ESKAPEE, mặc dù các cơ chế tác động của các hợp chất từ cây này vẫn chưa rõ ràng. Nghiên cứu này sử dụng mô phỏng gắn kết phân tử và động lực học phân tử để điều tra sự tương tác giữa Jatrophone, một hợp chất chiết xuất từ cây này, và Protein liên kết Penicillin 2a, một protein có trong tụ cầu vàng kháng methicillin. Phân tích dựa trên độ lệch căn bậc hai trung bình và dao động căn bậc hai trung bình cho thấy Jatrophone gắn kết mạnh mẽ với vị trí hoạt động của Protein liên kết Penicillin 2a, liên quan đến một số vị trí quan trọng như LYS644, ASP654, ILE648, SER581 và GLU583. Phức hợp protein-ligand rất ổn định, với Jatrophone thể hiện tính linh hoạt cho phép nó dễ dàng khớp vào vị trí gắn của protein, đặc biệt là với các vị trí quan trọng đối với khả năng kháng thuốc β-lactam. Những phát hiện này cho thấy Jatrophone như một ứng cử viên đầy hứa hẹn cho việc phát triển các liệu pháp mới chống lại tụ cầu vàng kháng methicillin, cung cấp cơ sở vững chắc để tiếp tục tối ưu hóa và kiểm chứng bằng thực nghiệm.

Từ khóa

Jatropha podagrica Hook; Jatrophone; Kháng khuẩn; Phân tích hoá học tính toán; Protein liên kết; Penicillin 2a

Toàn văn:

PDF (English)

Tài liệu tham khảo

[1] W. L. Kelly, A. Jousselin, C. Barras, et al., “Missense mutations in PBP2A Affecting ceftaroline susceptibility detected in epidemic hospital-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus clonotypes ST228 and ST247 in Western Switzerland archived since 1998,” Antimicrob Agents Chemotherapy, vol. 59, no. 4, pp. 1922-1930, 2015.

[2] H. Lee, E. J. Yoon, D. Kim, et al., “Ceftaroline Resistance by Clone-Specific Polymorphism in Penicillin-Binding Protein 2a of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus,” Antimicrob Agents Chemotherapy, vol. 62, no. 9, 2018, doi: 10.1128/AAC.00485-18 .

[3] J. P. C. Boechat, F. R. S. Ramos, F. B. Saraiva, et al., “Generation and characterization of a monoclonal antibody Fab fragment targeting PBP2a in methicillin-resistant Staphylococcus aureus,” Journal of Immunological Methods, vol. 534, 2024, Art. no. 113774.

[4] T. M. Gardner and M. R. Grosser, “A MRSA mystery: how PBP4 and cyclic-di-AMP join forces against β-lactam antibiotics,” mBio, vol. 15, no. 8, 2024, Art. no. e0121024.

[5] M. R. Islam, M. Azmal, F. S. Prima, et al., “Retention of methicillin susceptibility in Staphylococcus aureus using natural adjuvant as an allosteric modifier of penicillin-binding protein 2a,” Computers in Biology and Medicine, vol. 181, 2024, Art. no. 109070.

[6] N. B. Cavalcante, A. D. D. C. Santos, and J. R. G. D. S. Almeida, “The genus Jatropha (Euphorbiaceae): A review on secondary chemical metabolites and biological aspects,” Chemico-Biological Interactions, vol. 318, 2020, Art. no. 108976.

[7] L. Huynh, T. N. T. Nguyen, X. A. N. Nguyen, et al., “A mini review on botany, phytochemistry, and bioactivities of Jatropha podagrica Hook. (Euphorbiaceae),” Tropical Journal of Natural Product Research, vol. 8, no. 2, pp. 6065-6070, 2024.

[8] O. O. Aiyelaagbe, K. Adesogan, O. Ekundayo, et al., “Antibacterial diterpenoids from Jatropha podagrica Hook,” Phytochemistry, vol. 68, no. 19, pp. 2420-2425, 2007.

[9] S. K. Sharma and H. Singh, “A review on pharmacological significance of genus Jatropha (Euphorbiaceae),” Chinese Journal of Integrative Medicine, vol. 18, no. 11, pp. 868-880, 2012.

[10] V. N. T. Bich, T. K. Nguyen, T. D. T. Thu, et al., “Investigating the antibacterial mechanism of Ampelopsis cantoniensis extracts against methicillin-resistant Staphylococcus aureus via in vitro and in silico analysis,” Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, vol. 41, no. 23, pp. 14080-14091, 2023.

[11] U. Singh, P. Singh, A. K. Singh, et al., “In silico and in vitro evaluation of extract derived from Dunaliella salina, a halotolerant microalga for its antifungal and antibacterial activity,” Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, vol. 41, no. 15, pp. 7069-7083, 2023.

[12] S. Ullah, W. Rahman, F. Ullah, et al., “A molecular dynamics simulations analysis of repurposing drugs for COVID-19 using bioinformatics methods,” Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, vol. 42, no. 18, pp. 9561-9570, 2024.

DOI: https://doi.org/10.34238/tnu-jst.11757

Các bài báo tham chiếu

Hiện tại không có bài báo tham chiếu



Ghi nhớ