NGHIÊN CỨU HỆ VI SINH VẬT TRÊN DA CÁ CHÌNH BÔNG (ANGUILLA MAMORATA QUOY AND GAIMARD, 1824) NUÔI TẠI THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BẰNG METAGENOMIC

Nguyễn Văn Thống; Nguyễn Phú Hòa; Nguyễn Bảo Quốc; Nguyễn Thị Mỹ Dung; Nguyễn Ngọc Tài

doi:10.34238/tnu-jst.12804

NGHIÊN CỨU HỆ VI SINH VẬT TRÊN DA CÁ CHÌNH BÔNG (ANGUILLA MAMORATA QUOY AND GAIMARD, 1824) NUÔI TẠI THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BẰNG METAGENOMIC

Thông tin bài báo

Ngày nhận bài: 14/05/25 Ngày hoàn thiện: 13/08/25 Ngày đăng: 13/08/25

Các tác giả

1. Nguyễn Văn Thống, 1) Trường Đại học Nông Lâm Thành phố Hồ Chí Minh, 2) Trường Đại học Hùng Vương Thành phố Hồ Chí Minh
2. Nguyễn Phú Hòa, Trường Đại học Nông Lâm Thành phố Hồ Chí Minh
3. Nguyễn Bảo Quốc , Trường Đại học Nông Lâm Thành phố Hồ Chí Minh
4. Nguyễn Thị Mỹ Dung, Trường Đại học Hùng Vương Thành phố Hồ Chí Minh
5. Nguyễn Ngọc Tài, Trường Đại học Hùng Vương Thành phố Hồ Chí Minh

Tóm tắt

Đây là nghiên cứu bước đầu về cấu trúc và thành phần hệ vi sinh trên da của cá chình Bông (Anguilla marmorata) nuôi tại Thành phố Hồ Chí Minh, Việt Nam. Mẫu da cá nghiên cứu được thu thập từ những cá chình Bông có dấu hiệu bất thường như bơi lội không bình thường, lớp da bên ngoài có các đốm (vết màu trắng) và xuất huyết nhẹ từ trang trại nuôi cá chình ở Thành phố Hồ Chí Minh. Mẫu da cá được thu thập và trích ly DNA sau đó giải trình tự metagenomic bằng công nghệ giải trình tự bằng Illumina. Kết quả phân tích cho thấy, ở mức độ phân loại ngành, các ngành vi khuẩn được xác định bao gồm Bacteroidetes (9,92%), Firmicutes (23,89%), Proteobacteria (63,5%), Cyanobacteria (0,33%), nhóm chưa định danh được (0,15%) và các nhóm ngành khác (0,20%). Ở mức độ phân loại lớp, các lớp chiếm ưu thế trong mẫu là Gammaproteobacteria (61,71%), Bacilli (13,35%), Clostridia (12,55%), và Bacteroidia (9,92%). Các họ vi khuẩn chủ đạo gồm Aeromonadaceae (43,10%), Enterobacteriaceae (12,06%), Streptococcaceae (11,24%), Clostridiaceae (10,36%), và Weeksellaceae (3,33%). Các chi vi khuẩn phổ biến trong mẫu gồm Aeromonas (43,08%), Lactococcoccus (11,24%), Enterobacter (5,03%), Macellibacteroides (4,46%), Plesiomonas (4,01%), Acidovorax (1,33%), và Edwardsiella (0,79%). Các loài được ghi nhận gồm Acidovorax delafieldii (1,25%), Acinetobacter junii (0,06%), Lactococcus lactis (11,23%), Plesiomonas shigelloides (3,91%), Aeromonas caviae (29,72%), Aeromonas encheleia (2,58%), Enterobacter roggenkampii (1,72%) và Edwardsiella hoshinae (0,79%).

Từ khóa

Cá chình Bông; Metagenomic; Hệ vi sinh vật cá chình; Vi khuẩn gây bệnh cá; Bệnh trên da cá chình

Toàn văn:

PDF (English)

Tài liệu tham khảo

[1] T. T. T. Vo, S. T. Tran, and G. V. Tran, “Study on the growth potential of freshwater giant mottled eel (Anguilla marmorata) cultured in cement tanks in Song Cau Town, Phu Yen Province,” (in Vietnamese), Journal of Science. University of Education, Hue University, vol. 04, no. 48, pp. 92-101, 2018.

[2] T. T. Nguyen and V. D. Hoang, “An overview of the Anguillid eel culture in Vietnam,” Vietnam Journal of Aquaculture & Marine Biology, vol. 10, no. 3, 96-101, 2021.

[3] Y. Shi, Y. M. D. Y. De, and S. W. Zhai, “Revealing the difference of intestinal microbiota composition of cultured European eels (Anguilla anguilla) with different growth rates,” The Israeli Journal of Aquaculture, vol. 72, pp. 1-12, 2020.

[4] D. Kusumawatya, K. H. Surtikani, Hernawat, et al., “Data on community structure and diversity of the intestinal bacteria in elver and fingering stages of wild Indonesia shortfin eel (Anguilla bicolor bicolor),” Data in brief, vol. 29, 2020, Art. no. 105299.

[5] H. Hsiang-Yi, C. C. Fang, B. W. Yu, et al., “Revealing the compositions of the intestinal microbiota of three Anguillid eel species using 16S rDNA sequencing,” Aquac Res., vol. 49, no. 7, pp. 2404-2415, 2018.

[6] L. Mao, Z. Chenxi, J. Xueqing, et al., “The composition and structure of the intestinal microflora of Anguilla marmorata at different growth rates: a deep sequencing study,” Journal of Applied Microbiology, vol. 126, no. 1, pp. 1340-1352, 2019.

[7] A. Larsen, Z. Tao, A. S. Bullard, et al., “Diversity of the skin microbiotaa of fishes: evidence for host species specificity,” FEMS Microbiol Ecol., vol. 85, no. 3, pp. 483-494, 2013.

[8] J. S. Lee, D. Damte, S. J. Lee, et al., “Evaluation and characterization of a novel probiotic Lactobacillus pentosus PL11 isolated from Japanese eel (Anguilla japonica) for its use in aquaculture,” Aquacult. Nutr., vol. 21, no. 4, pp. 444-456, 2015.

[9] M. Carda-Diéguez, R. Ghai, F. Rodriguez-Valera, et al., “Metagenomics of the mucosal microbiota of European eels,” Genome Announc, vol. 2, no. 6, 2014, e01132.

[10] G. Lang, L. Xinyu, L. Shentao, et al., “Low-Cost and Rapid Method of DNA Extraction from Scaled Fish Blood and Skin Mucus,” Viruses, vol. 14, 2022, Art. no. 840, doi: 10.3390/v14040840.

[11] R. C. Edgar, “UPARSE: highly accurate OTU sequences from microbial amplicon reads,” Nat. Methods, vol. 10, no. 10, 2013, Art. no. 996e998.

[12] C. Quast, E. Pruesse, P. Yilmaz, et al., “The SILVA ribosomal RNA gene database project: improved data processing and web-based tools,” Nucleic Acids Res., vol. 41, 2013, doi: 10.1093/nar/gks1219.

[13] A. Chao, C. H. Chiu, and L. Jost, “Unifying species diversity, phylogenetic diversity, functional diversity and related similarity/differentiation measures through hill numbers,” Annu. Rev. Ecol. Evol., vol. 45, pp. 297-324, 2014.

[14] G. Mathieu, B. Bram, V. Kevin, et al., “Comparison of 6 DNA extraction methods for isolation of high yield of high molecular weight DNA suitable for shotgun metagenomics Nanopore sequencing to detect bacteria,” BMC Genomics, vol. 24, 2023, Art. no. 438, doi: 10.1186/s12864-023-09537-5.

[15] Y. B. Ye, D. L. Li, J. H. Yang, et al., “High-purity DNA extraction from animal tissueusing picking in the TRIzol-based method,” BioTechniques, vol. 70, pp. 187-190, 2020, doi: 10.2144/btn-2020-0142.

[16] A. Bunnoy, U. Na-Nakorn, P. Kayansamruaj, et al., “Acinetobacter Strain KUO11TH, a Unique Organism Related to Acinetobacter pittii and Isolated from the Skin Mucus of Healthy Bighead Catfish and Its Efficacy Against Several Fish Pathogens,” Microorganisms, vol. 7, no. 11, 2019, Art. no. 549, doi: 10.3390/microorganisms7110549.

[17] A. Roy, J. Singha, and T. J. Abraham, “Histopathology of Aeromonas caviae Infection in Challenged Nile Tilapia Oreochromis niloticus (Linnaeus, 1758),” International Journal of Aquaculture, vol. 8, no. 20, pp. 151-155, 2018, doi: 10.5376/ija.2018.08.0020.

[18] A. Sharma, T. Chanu, T. Snilayak, et al., “Pathogenesis of Aeromonas caviae in Clarias magu” Microbial Pathogenesis, vol. 169, 2022, doi: 10.1016/j.micpath.2022.105662.

[19] E. Consuelo, M. G. Carmen, and V. Antonio, “Aeromonas encheleia sp. nov., Isolated from European Eels,” International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, vol. 45, no. 3, 1995, doi: 10.1099/00207713-45-3-462.

[20] F. Grimont, C. Richard, and R. Sakazaki, “Edwardsiella hoshinae, a new species of Enterobacteriaceae,” Current Microbiology, vol. 4, pp. 347-351, 1980.

[21] H. P. T. Ngo, T. T. H. Vu, T. T. Le, et al., “Comparative genomic analysis of hypervirulent Aeromonas hydrophila strains from striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus) in Vietnam,” Aquaculture, vol. 558, 2022, doi: 10.1016/j.aquaculture.2022.738364.

DOI: https://doi.org/10.34238/tnu-jst.12804

Các bài báo tham chiếu

Hiện tại không có bài báo tham chiếu



Ghi nhớ