NGHIÊN CỨU MỐI QUAN HỆ PHÁT SINH CỦA PAPHIOPEDILUM MALIPOENSE S.C.CHEN & Z.H.TSI DỰA TRÊN DỮ LIỆU PHÂN TỬ

Lê Chí Toàn; Trịnh Nguyệt Minh; Trần Minh Tuấn; Cao Bá Cường; Phạm Thị Hương Thảo; Nguyễn Văn Dư

doi:10.34238/tnu-jst.13223

NGHIÊN CỨU MỐI QUAN HỆ PHÁT SINH CỦA PAPHIOPEDILUM MALIPOENSE S.C.CHEN & Z.H.TSI DỰA TRÊN DỮ LIỆU PHÂN TỬ

Thông tin bài báo

Ngày nhận bài: 14/07/25 Ngày hoàn thiện: 20/01/26 Ngày đăng: 21/01/26

Các tác giả

1. Lê Chí Toàn , Trường Đại học Sư phạm Hà Nội 2
2. Trịnh Nguyệt Minh, Trường Đại học Sư phạm Hà Nội 2
3. Trần Minh Tuấn, Vườn Quốc gia Ba Vì
4. Cao Bá Cường, Trường Đại học Sư phạm Hà Nội 2
5. Phạm Thị Hương Thảo, Trường Đại học Hoa Lư
6. Nguyễn Văn Dư, Viện Sinh học

Tóm tắt

Paphiopedilum malipoense, một loài Lan hài đẹp đang được quan tâm và khai thác. Mặc dù có khu vực phân bố rộng rãi, loài này đang có nguy cơ tuyệt chủng và suy giảm số lượng nhanh chóng. Do đó, việc nghiên cứu phát sinh loài để bảo tồn loài thực vật này là cần thiết. Nghiên cứu này đã sử dụng dữ liệu phân tử của tám vùng DNA của 112 cá thể để nghiên cứu phát sinh chủng loài của loài Lan hài này. Các kết quả phân tích dữ liệu phân tử đã ủng hộ mạnh mẽ rằng Paphiopedilum là một nhóm đơn phát sinh. Có bốn phân chi được ghi nhận bên trong chi này, bao gồm Parvisepalum, Brachypetalum, Megastaminodium và Paphiopedilum. Kết quả nghiên cứu này ủng hộ rằng phân chi Parvisepalum là chị và hình thành sớm nhất so với ba phân chi còn lại. Loài Lan hài Paphiopedilum malipoense được ghi nhận là một thành viên của phân chi Parvisepalum. Tất cả các cá thể của loài này đều phát sinh trong cùng một nhánh phát sinh với chỉ số ủng hộ tốt. Kết quả này cho thấy các trình tự của các cá thể P. malipoense là tương đồng và có tính bảo thủ cao mặc dù các cá thể này phân bố ở các khu vực khác nhau. P. malipoense ở Việt Nam và Trung Quốc có quan hệ họ hàng gần. Mối quan hệ di truyền giữa các thứ của P. malipoense rất phức tạp, do đó, việc sử dụng tập dữ liệu genome của P. malipoense dường như là giải pháp để giải quyết vấn đề này ở các nghiên cứu trong tương lai. Nghiên cứu này đã cung cấp dữ liệu và thông tin hữu ích về phát sinh loài của các quần thể P. malipoense cho các nghiên cứu trong tương lai, cũng như việc bảo tồn chi Paphiopedilum và loài P. malipoense ở Việt Nam.

Từ khóa

Phát sinh loài; Phân tử; Paphiopedilum malipoense; Thứ; Việt Nam

Toàn văn:

PDF (English)

Tài liệu tham khảo

[1] Z. J. Liu, X. Q. Chen, and P. J. Cribb, “Paphiopedilum,” in Flora of China, vol. 25, Z.Y. Wu, and P. H. Ravenm, Eds, Missouri Botanical Garden Press, St. Louis and Science Press, Beijing, 2009, pp. 33-44.

[2] R. Govaerts, World checklist of selected plant families (Paphiopedilum), the Royal Botanic Gardens, Kew, 2022.

[3] CITES, “Appendices I, II and III valid UNEP,” 3 April 2012.

[4] M. T. Tran, N. Q. Chu, T. L. Bui, M. S. Nguyen, P. B. Cao, S. K. Nguyen, and C. T. Le, “Molecular phylogeny of Vietnamese Paphiopedilum helenae Aver. populations,” TNU Journal of Science and Technology, vol. 230, no. 13, pp. 215-222, 2025.

[5] IUCN, “The IUCN Red List of Threatened Species,” 2022. [Online]. Available: https://www.iucnredlist.org/. [Accessed on 27 March 2024]

[6] L. V. Averyanov, P. J. Cribb, P. K. Loc, and N. T. Hiep, Slipper Orchids of Vietnam; with an Introduction to the Flora of Vietnam, Compass Press Limited, Royal Botanic Gardens, Kew, London, 2003.

[7] L. V. Averyanov, P. Cribb, K. L. Phan, and T. H. Nguyen, “Slipper Orchids of Vietnam; with an Introduction to the Flora of Vietnam,” Transport Publishing House (in Vietnamese), Ha Noi, pp. 308, 2004.

[8] A. Chochai, I. J. Leitch, M. J. Ingrouille, and M. F. Fay, “Molecular phylogenetics of Paphiopedilum (Cypripedioideae; Orchidaceae) based on nuclear ribosomal ITS and plastid sequences,” Botanical Journal of the Linnean Society, vol. 70, no. 2, pp. 176-196, 2012.

[9] M. Górniak, D. L. Szlachetko, A. K. Kowalkowska, J. Bohdanowicz, and C. X. Canh, “Taxonomic placement of Paphiopedilum canhii (Cypripedioideae; Orchidaceae) based on cytological, molecular and micromorphological evidence,” Molecular Phylogenetics & Evolution, vol. 70, pp. 429-441, 2014.

[10] Y. I. Lee, M. C. Chung, K. Sydara et al., “Taxonomic placement of Paphiopedilum rungsuriyanum (Cypripedioideae; Orchidaceae) based on morphological, cytological and molecular analyses,” Bot. Stud., vol. 58, p. 16, 2017.

[11] C. C. Tsai, P. C. Liao, Y. Z. Ko, C. H. Chen, and Y. C. Chiang, “Phylogeny and phylogeny and historical biogeography of Paphiopedilum Pﬁtzer (Orchidaceae) based on nuclear and plastid DNA,” Frontiers in Plant Science, vol. 11, pp. 1-14, 2020.

[12] H. T. Vu, Q. L. Vu, T. D. Nguyen, N. Tran, T. C. Nguyen, P. N. Luu, D. D. Tran, T. K. Nguyen, and L. Le, “Genetic diversity and identiﬁcation of Vietnamese Paphiopedilum species using DNA sequences,” Biology, vol. 9, no. 1, pp. 1-18, 2020.

[13] M. C. Rajaram, C. S. Y. Yong, J. A. Gansau, and R. Go, “DNA Barcoding of endangered Paphiopedilum species (Orchidaceae) of peninsular Malaysia,” Phytotaxa, vol. 387, pp. 94-104, 2019.

[14] T. H. Y. Nguyen, D. T. Nguyen, X. Q. Ngo, T. P. Do, and H. M. Chu, “A study on the corretation between DNA markers and morphology characteristics for identification of Paphiopedilum helenae Aver. of Vietnam,” TNU Journal of Science and Technology, vol. 227, no. 05, pp. 178-185, 2022.

[15] M. Kearse, R. Moir, A. Wilson, S. Stones-Havas, M. Cheung, S. Sturrock, S. Buxton, A. Cooper, S. Markowitz, C. Duran, T. Thierer, B. Ashton, P. Mentjies, and A. Drummond, “Geneious basic: an integrated and extendable desktop software platform for the organization and analysis of sequence data,” Bioinformatics, vol. 28, pp. 1647-1649, 2012.

[16] A. Stamatakis, “RAxML-VI-HPC, maximum likelihood-based phylogenetic analyses with thousands of taxa and mixed models,” Bioinformatics, vol. 22, pp. 2688-2690, 2006.

[17] D. Darriba, G. L. Taboada, R. Doallo, and D. Posada, “jModelTest 2: more models, new heuristics and parallel computing,” Nature Methods, vol. 9, p. 772, 2012.

[18] F. Ronquist and J. P. Huelsenbeck, “MrBayes 3, Bayesian phylogenetic inference under mixed models,” Bioinformatics, vol. 19, pp. 1572-1574, 2003.

[19] M. A. Miller, W. Pfeiffer, and T. Schwartz, “Creating the CIPRES Science Gateway for inference of large phylogenetic trees,” Proceedings of the Gateway Computing Environments Workshop (GCE), New Orleans, USA: Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE), 2010, pp. 1-8.

[20] A. Rambaut and A. J. Drummond, “Tracer,” 2007. [Online]. Available: http://tree.bio.ed.ac.uk/software/tracer/. [Accessed Jan 05, 2021].

[21] Z. Shen, Y. Feng, M. Möller, K. S. Burgess, H. Qin, J. Yang, Z. Mo, H. Li, D. Li, and L. Gao, “Genomic DNA barcodes provide novel insights into species delimitation in the complex Camellia sect. Thea (Theaceae),” BMC Plant Biology, vol. 25, p. 570, 2025.

[22] C. T. Le, “Molecular phylogeny of Macrosolen (Blume) Rchb. (Loranthaceae) from Vietnam based on molecular data,” TNU Journal of Science and Technology, vol. 227, no. 5, pp. 261-267, 2022.

[23] H. Koopowitz, “An updated, annotated checklist of the genus Paphiopedilum,” Orchid Digest, vol. 76, pp. 178-215, 2012.

DOI: https://doi.org/10.34238/tnu-jst.13223

Các bài báo tham chiếu

Hiện tại không có bài báo tham chiếu



Ghi nhớ