ĐẶC ĐIỂM TRÌNH TỰ VÀ GIÁ TRỊ PHÁT SINH CHỦNG LOẠI CỦA CÁC GENE LỤC LẠP ndhF VÀ trnA Ở LOÀI Adinandra bockiana (Pentaphylacaceae) | Hằng | TNU Journal of Science and Technology

ĐẶC ĐIỂM TRÌNH TỰ VÀ GIÁ TRỊ PHÁT SINH CHỦNG LOẠI CỦA CÁC GENE LỤC LẠP ndhF VÀ trnA Ở LOÀI Adinandra bockiana (Pentaphylacaceae)

Thông tin bài báo

Ngày nhận bài: 13/02/26                Ngày hoàn thiện: 05/05/26                Ngày đăng: 06/05/26

Các tác giả

1. Phó Thị Thúy Hằng, Trường Đại học Y Dược - ĐH Thái Nguyên
2. Nguyễn Hữu Quân Email to author, Trường Đại học Sư phạm - ĐH Thái Nguyên
3. Chu Hoàng Mậu, Trường Đại học Sư phạm - ĐH Thái Nguyên

Tóm tắt


Nghiên cứu này nhằm đánh giá đặc điểm trình tự và khả năng phản ánh mối quan hệ phát sinh chủng loại của hai gene lục lạp ndhF và trnA-UGC (sau đây gọi là trnA) trong chi Adinandra và một số chi liên quan thuộc họ Pentaphylacaceae. Trình tự các gene ndhF và trnA của loài Adinandra bockiana và 23 loài khác được thu thập từ cơ sở dữ liệu GenBank, căn chỉnh bằng phần mềm BioEdit và phân tích phát sinh chủng loại bằng MEGA phiên bản 12.0. Kết quả cho thấy, gene ndhF có chiều dài ổn định, hàm lượng A+T cao và tồn tại các vị trí mang biến dị nucleotide, cung cấp tín hiệu di truyền hữu ích cho phân tích phát sinh chủng loại giữa các loài nghiên cứu. Cây phát sinh chủng loại dựa trên trình tự ndhF thể hiện cấu trúc phân nhánh rõ ràng với độ hỗ trợ bootstrap cao, trong đó loài A. bockiana có mối quan hệ di truyền gần gũi với một số loài cùng chi. Ngược lại, gene trnA có chiều dài 880 bp, trình tự hoàn toàn bảo tồn giữa các loài và khoảng cách di truyền bằng 0,00, cho thấy khả năng phân giải rất hạn chế ở cấp độ loài. Kết quả nghiên cứu cho thấy ndhF là chỉ thị DNA lục lạp phù hợp cho nghiên cứu mối quan hệ di truyền và phát sinh chủng loại trong chi Adinandra, trong khi trnA chỉ có giá trị bổ trợ khi kết hợp marker có mức độ biến dị cao.

Từ khóa


Adinandra bockiana; Mối quan hệ di truyền; ndhF; Phát sinh chủng loại; trnA

Toàn văn:

PDF

Tài liệu tham khảo


[1] Angiosperm Phylogeny Group, “An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG III,” Botanical Journal of the Linnean Society, vol. 161, pp. 105-121, 2009, doi: 10.1111/j.1095-8339.2009.00996.x.

[2] H. H. Pham, An Illustrated Flora of Vietnam, vol. 11. Young Publishing, 2000.

[3] H. Daniell, C. S. Lin, M. Yu, and W. J. Chang, “Chloroplast genomes: diversity, evolution, and applications in genetic engineering,” Genome Biology, vol. 17, 2016, Art. no. 125, doi: 10.1186/s13059-016-1004-2.

[4] N. T. T. Nguyen, H. T. T. Pho, Q. H. Nguyen, N. T. Doan, L. T. N. Nguyen, H. M. Pham, L. T. Le, T. D. Sy, H. H. Chu, L. T. K. Vu, and M. H. Chu, “Characteristics of the chloroplast genome of Adinandra bockiana and comparative analysis with species of Pentaphylacaceae family,” Plant Molecular Biology Reporter, vol. 41, pp. 611-621, 2023, doi: 10.1007/s11105-023-01389-3.

[5] H. Q. Nguyen and T. T. G. Kieu, “Use of matK DNA barcode to identify Adinandra samples collected at Lao Cai, Vietnam,” TNU Journal of Science and Technology, vol. 197, pp. 205-210, 2015.

[6] W. J. Kress, K. J. Wurdack, E. A. Zimmer, L. A. Weigt, and D. H. Janzen, “Use of DNA barcodes to identify flowering plants,” Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 102, no. 23, pp. 8369-8374, 2005.

[7] M. H. Moore, C. D. Bell, P. S. Soltis, and D. E. Soltis, “Using plastid genome-scale data to resolve enigmatic relationships among basal angiosperms,” Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 104, pp. 19363-19368, 2007.

[8] P. M. Hollingsworth, S. W. Graham, and D. P. Little, “Choosing and Using a Plant DNA Barcode,” Public Library of Science ONE, vol. 6, no. 5, 2011, Art. no. e19254, doi: 10.1371/journal.pone.0019254.

[9] T. K. Mohanta, A. L. Khan, A. Hashem, E. F. A. Allah, D. Yadav, and A. Al-Harrasi, “Genomic and evolutionary aspects of chloroplast tRNA in monocot plants,” BMC Plant Biol, vol. 19, no. 1, 2019, doi: 10.1186/s12870-018-1625-6.

[10] National Center for Biotechnology Information (NCBI), “Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)”. [Online]. Available: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi. [Accessed Feb. 05, 2026].

[11] National Center for Biotechnology Information (NCBI), “Adinandra angustifolia chloroplast, complete genome,” GenBank accession no. NC_035653.1. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ NC_035653.1. [Accessed Feb. 24, 2026].

[12] National Center for Biotechnology Information (NCBI), “Adinandra bockiana chloroplast, complete genome,” GenBank accession no. MW699853.1. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MW699853.1. [Accessed Feb. 24, 2026].

[13] National Center for Biotechnology Information (NCBI), “Adinandra megaphylla chloroplast, complete genome,” GenBank accession no. MW697901.1. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ MW697901.1. [Accessed Feb. 24, 2026].

[14] National Center for Biotechnology Information (NCBI), “Adinandra millettii chloroplast, complete genome,” GenBank accession no. NC_035678.1. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ NC_035678.1. [Accessed Feb. 24, 2026].

[15] National Center for Biotechnology Information (NCBI), “Anneslea fragrans chloroplast, complete genome,” GenBank accession no. NC_035709.1. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ NC_035709.1. [Accessed Feb. 24, 2026].

[16] National Center for Biotechnology Information (NCBI), “Eurya alata chloroplast, complete genome,” GenBank accession no. NC_041510.1. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ NC_041510.1. [Accessed Feb. 24, 2026].

[17] National Center for Biotechnology Information (NCBI), “Eurya kueichowensis chloroplast, complete genome,” GenBank accession no. PP999694.1. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ PP999694.1. [Accessed Feb. 24, 2026].

[18] National Center for Biotechnology Information (NCBI), “Eurya muricata chloroplast, complete genome,” GenBank accession no. PP078679.1. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ PP078679.1. [Accessed Feb. 24, 2026].

[19] National Center for Biotechnology Information (NCBI), “Eurya rubiginosa chloroplast, complete genome,” GenBank accession no. ON729444.1. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ ON729444.1. [Accessed Feb. 24, 2026].

[20] National Center for Biotechnology Information (NCBI), “Euryodendron excelsum chloroplast, complete genome,” GenBank accession no. MH159200.1. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ MH159200.1. [Accessed Feb. 24, 2026].

[21] National Center for Biotechnology Information (NCBI), “Franklinia alatamaha chloroplast, complete genome,” GenBank accession no. NC_035692.1. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ NC_035692.1. [Accessed Feb. 24, 2026].

[22] National Center for Biotechnology Information (NCBI), “Gordonia lasianthus chloroplast, complete genome,” GenBank accession no. NC_035699.1. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ NC_035699.1. [Accessed Feb. 24, 2026].

[23] National Center for Biotechnology Information (NCBI), “Schima sinensis chloroplast, complete genome,” GenBank accession no. OL449824.1. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ OL449824.1. [Accessed Feb. 24, 2026].

[24] National Center for Biotechnology Information (NCBI), “Schima wallichii chloroplast, complete genome,” GenBank accession no. OL449800.1. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ OL449800.1. [Accessed Feb. 24, 2026].

[25] National Center for Biotechnology Information (NCBI), “Stewartia malacodendron chloroplast, complete genome,” GenBank accession no. NC_035691.1. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ NC_035691.1. [Accessed Feb. 24, 2026].

[26] National Center for Biotechnology Information (NCBI), “Stewartia ovata chloroplast, complete genome,” GenBank accession no. MH782173.1. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ MH782173.1. [Accessed Feb. 24, 2026].

[27] T. A. Hall, “BioEdit: A user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT,” Nucleic Acids Symposium Series, no. 41, pp. 95-98, 1999.

[28] K. Tamura, G. Stecher, and S. Kumar, “MEGA12: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 12,” Molecular Biology and Evolution, vol. 41, no. 1, 2024, Art. no. msad296.




DOI: https://doi.org/10.34238/tnu-jst.14821

Các bài báo tham chiếu

  • Hiện tại không có bài báo tham chiếu
Tạp chí Khoa học và Công nghệ - Đại học Thái Nguyên
Phòng 408, 409 - Tòa nhà Điều hành - Đại học Thái Nguyên
Phường Tân Thịnh - Thành phố Thái Nguyên
Điện thoại: 0208 3840 288 - E-mail: jst@tnu.edu.vn
Phát triển trên nền tảng Open Journal Systems
©2018 All Rights Reserved