ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ VÀ SỰ TIẾN HOÁ CỦA CÁC GENE LỤC LẠP cemA, clpP và ycf3 TỪ Adinandra VÀ MỘT SỐ LOÀI THUỘC HỌ Pentaphylacaceae

Tóm tắt

Chi Adinandra (Pentaphylacaceae) là nhóm thực vật thân gỗ nhiệt đới có ranh giới loài khó phân định, đặc biệt khi các đặc điểm hình thái bị biến dạng hoặc khi mẫu chỉ có sẵn ở dạng bột; trong những điều kiện như vậy, cần có các dấu hiệu DNA đáng tin cậy để hỗ trợ việc nhận dạng. Nghiên cứu này nhằm phân tích đặc điểm phân tử và mối quan hệ tiến hoá của chi Adinandra dựa trên ba trình tự gene lục lạp như cemA, clpP và ycf3. Trình tự các gene được trích xuất từ hệ gene lục lạp hoàn chỉnh của năm loài Adinandra và chín loài đại diện thuộc bảy chi liên quan trong họ Pentaphylacaceae, sau đó được căn chỉnh để xác định biến dị nucleotide và xây dựng cây phát sinh chủng loại bằng phương pháp Maximum Likelihood. Kết quả cho thấy cả ba gene đều nằm trong vùng sao chép đơn lớn (LSC) của hệ gene lục lạp và có mức độ bảo tồn cao về vị trí và chiều dài. Trong đó, cemA thể hiện mức độ bảo tồn rất cao, chỉ ghi nhận một vị trí biến dị nucleotide; ycf3 có mức độ biến dị trung gian với ba vị trí thay thế nucleotide; còn clpP tích luỹ nhiều biến dị nhất, bao gồm cả thay thế nucleotide và các sự kiện chèn/mất đoạn. Phân tích cây phát sinh chủng loại cho thấy các loài Adinandra luôn hợp thành nhóm đơn ngành với tỷ lệ bootstrap độ hỗ trợ cao, đặc biệt rõ rệt trên cây phát sinh chủng loại xây dựng từ dữ liệu kết hợp ba gene. Kết quả nghiên cứu khẳng định giá trị của clpP và dữ liệu đa gene lục lạp trong phân tích tiến hoá phân tử và hỗ trợ phân biệt loài của chi Adinandra.