ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ VÀ MỐI QUAN HỆ DI TRUYỀN  CỦA LOÀI Hoya lockii (Apocynaceae) DỰA TRÊN  MỘT SỐ TRÌNH TỰ DNA LỤC LẠP

Yongsa Manivanh; Ngô Mạnh Dũng; Phó Thị Thúy Hằng; Nguyễn Thị Thu Ngà; Nguyễn Hữu Quân; Sỹ Danh Thường; Từ Quang Tân; Chu Hoàng Mậu

doi:10.34238/tnu-jst.15669

ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ VÀ MỐI QUAN HỆ DI TRUYỀN CỦA LOÀI Hoya lockii (Apocynaceae) DỰA TRÊN MỘT SỐ TRÌNH TỰ DNA LỤC LẠP

Thông tin bài báo

Ngày nhận bài: 07/05/26 Ngày hoàn thiện: 24/06/26 Ngày đăng: 26/06/26

Các tác giả

1. Yongsa Manivanh, Trường Đại học Sư phạm - ĐH Thái Nguyên
2. Ngô Mạnh Dũng, Trường Đại học Sư phạm - ĐH Thái Nguyên
3. Phó Thị Thúy Hằng , Trường Đại học Y Dược - ĐH Thái Nguyên
4. Nguyễn Thị Thu Ngà, Trường Đại học Sư phạm - ĐH Thái Nguyên
5. Nguyễn Hữu Quân, Trường Đại học Sư phạm - ĐH Thái Nguyên
6. Sỹ Danh Thường, Trường Đại học Sư phạm - ĐH Thái Nguyên
7. Từ Quang Tân, Trường Đại học Sư phạm - ĐH Thái Nguyên
8. Chu Hoàng Mậu, Trường Đại học Sư phạm - ĐH Thái Nguyên

Tóm tắt

Hoya lockii, một loài đặc hữu của Việt Nam trong danh lục sách đỏ, còn thiếu nhiều thông tin về vị trí tiến hóa và mối quan hệ di truyền trong chi Hoya.Nghiên cứu này nhằm phân tích đặc điểm phân tử và mối quan hệ di truyền của H. lockii (Apocynaceae) dựa trên bốn trình tự DNA lục lạp (matK, psbZ–rps14, rpl16 intron, trnS–trnG). Sử dụng phương pháp tin sinh học và phân tích in silico đã xác định được các trình tự có sự khác biệt về kích thước và thành phần nucleotide, có xu hướng giàu A+T, đặc biệt ở các vùng không mã hóa. Mức biến dị cao nhất ghi nhận ở psbZ–rps14 (27,34%) và trnS–trnG (27,22%), thấp nhất ở matK (9,91%). Phân tích phát sinh chủng loại dựa trên dữ liệu bốn trình tự cho thấy H. lockii có quan hệ gần với H. omlorii,H. ariadna (boostrap: 89-100%), đồng thời có xu hướng liên kết với các nhóm loài trung gian giữa Hoya và các chi lân cận như Dischidia, Papuahoya, Stephanotis, Gymnema (bootstrap: 59-88%). Tiềm năng hỗ trợ nhận diện loài thuộc chi Hoya của bốn trình tự matK, psbZ–rps14, rpl16 intron, trnS–trnG đã được đề xuất.

Từ khóa

Hoya lockii; DNA lục lạp; Phát sinh chủng loại; Biến dị di truyền; Apocynaceae

Toàn văn:

PDF

Tài liệu tham khảo

[1] Angiosperm Phylogeny Group (APG), “An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG III,” Botanical Journal of the Linnean Society, vol. 161, pp. 105-121, 2009, doi: 10.1111/j.1095-8339.2009.00996.x.

[2] N. T. T. Nguyen, M. Yongsa, and D. T. Sy, “Morphological characteristics and sequence of rps16-trnQ of the Hoya lockii V.T. Pham & Aver,” TNU Journal of Science and Technology, vol. 229, no. 09, pp. 298-305, 2024, doi: 10.34238/tnu-jst.10222.

[3] L. Wanntorp, A. Kocyan, and S. S. Renner, “Wax plants disentangled: A phylogeny of Hoya (Apocynaceae) based on nuclear and chloroplast DNA sequences,” Molecular Phylogenetics and Evolution, vol. 39, no. 3, pp. 722-733, 2006, doi: 10.1016/j.ympev.2006.01.022.

[4] T. Livshultz, D. J. Middleton, M. E. Endress, and J. K. Williams, “Phylogeny of Apocynaceae subfamilies based on plastid DNA sequences,” Annals of the Missouri Botanical Garden, vol. 94, no. 2, pp. 324-359, 2007, doi: 10.3417/0026-6493(2007)94 [324:POASBO]2.0.CO;2.

[5] J. D. Palmer, “Chloroplast DNA evolution and biosystematic uses of chloroplast DNA variation,” The American Naturalist, vol. 130 (supplement), pp. S6-S29, 1987, doi: 10.1086/284691.

[6] J. Shaw, E. B. Lickey, E. E. Schilling, and R. L. Small, “Comparison of whole chloroplast genome sequences to choose noncoding regions for phylogenetic studies in angiosperms,” American Journal of Botany, vol. 94, no. 3, pp. 275-288, 2007, doi: 10.3732/ajb.94.3.275.

[7] V. T. Pham and L. V. Averyanov, “Hoya lockii (Apocynaceae), a new species from Vietnam,” Turczaninowia, vol. 14, no. 1, pp. 5-10, 2011, doi: 10.14258/turczaninowia.14.1.2.

[8] BotanyVN (Vietnam Plant Data Center), “Hoya lockii The P.V. et Aver.”. [Online]. Available: http://www.botanyvn.com. [Accessed May 05, 2026].

[9] C. L. Henriquez, M. Arias, D. Pires, and K. J. Sytsma, “Molecular systematics and phylogenomics of Apocynaceae,” Annals of Botany, vol. 114, no. 6, pp. 1239-1250, 2014, doi: 10.1093/aob/mcu143.

[10] National Center for Biotechnology Information (NCBI), “Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)”. [Online]. Available: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi. [Accessed Feb. 24, 2026].

[11] T. A. Hall, “BioEdit: A user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT,” Nucleic Acids Symposium Series, vol. 41, pp. 95-98, 1999.

[12] K. Tamura, G. Stecher, and S. Kumar, “MEGA12: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 12,” Molecular Biology and Evolution, vol. 41, no. 1, 2024, Art. no. msad296.

[13] N. T. T. Nguyen, C. Lee, M. Yongsa, Q. H. Nguyen, S. Jo, T. D. Sy, and M. H. Chu, “Hoya lockii chloroplast, complete genome,” GenBank accession no. OR475243.1, 2026. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/OR475243.1. [Accessed May 05, 2026]

[14] N. T. T. Nguyen, C. Lee, M. Yongsa, Q. H. Nguyen, S. Jo, T. D. Sy, and M. H. Chu, “Complete chloroplast genome of the endemic species Hoya lockii (Apocynaceae) from Viet Nam,” Mitochondrial DNA Part B, vol. 11, no. 5, pp. 653-658, 2026, doi: 10.1080/23802359.2026.2658954.

[15] L. Wanntorp, “Phylogenetic systematics of Hoya (Apocynaceae),” Blumea - Biodiversity, Evolution and Biogeography of Plants, vol. 54, no. 1-3, pp. 228-232, 2009.

[16] M. Rodda, N. Simonsson, E. Ercole, G. Khew, M. Niissalo, S. Rahayu, and T. Livshultz, “Phylogenetic studies in the Hoya group (Apocynaceae, Marsdenieae): The position of Anatropanthus and Oreosparte,” Willdenowia, vol. 50, no. 1, pp. 119-138, 2020, doi: 10.3372/wi.50.50112.

[17] M. Rodda and M. A. Niissalo, “Plastome evolution and organisation in the Hoya group (Apocynaceae),” Scientific Reports, vol. 11, 2021, Art. no. 14520, doi: 10.1038/s41598-021-93890-6.

[18] M. Yongsa, N. T. T. Nguyen, L. T. N. Nguyen, T. D. Sy, T. Q. Tu, and M. H. Chu, “Dataset of chloroplast intergenic spacer sequences and candidate DNA markers for species identification in Hoya (Apocynaceae) based on the plastome of Hoya lockii V.T. Pham & Aver. from Vietnam,” Data in Brief, vol. 66, 2026, Art. no. 112757, doi: 10.1016/j.dib.2026.112757.

DOI: https://doi.org/10.34238/tnu-jst.15669

Các bài báo tham chiếu

Hiện tại không có bài báo tham chiếu



Ghi nhớ