PHƯƠNG PHÁP PHÂN TÍCH KIỂU GEN VÀ TẦN SỐ ALEN CỦA ĐA HÌNH NUCLEOTIDE ĐƠN RS12970134 GẦN THỤ THỂ MELANOCORTIN-4 Ở TRẺ MẦM NON TẠI HÀ NỘI

Lê Thị Tuyết; Nguyễn Thị Trung Thu

doi:10.34238/tnu-jst.2020.05.2604

PHƯƠNG PHÁP PHÂN TÍCH KIỂU GEN VÀ TẦN SỐ ALEN CỦA ĐA HÌNH NUCLEOTIDE ĐƠN RS12970134 GẦN THỤ THỂ MELANOCORTIN-4 Ở TRẺ MẦM NON TẠI HÀ NỘI

Thông tin bài báo

Ngày nhận bài: 09/02/20 Ngày hoàn thiện: 27/04/20 Ngày đăng: 28/04/20

Các tác giả

1. Lê Thị Tuyết , Trường Đại học Sư phạm Hà Nội
2. Nguyễn Thị Trung Thu, Trường Đại học Sư phạm Hà Nội

Tóm tắt

Thụ thể Melanocortin-4 có liên quan đến bệnh béo phì, kháng insulin do đóng vai trò quan trọng trong việc điều hòa lượng thức ăn ăn vào, cân bằng nội môi và khối lượng cơ thể. Mục tiêu của nghiên cứu này là xây dựng được phương pháp AS-PCR phân tích kiểu gen của đa hình nucleotide đơn rs12970134 gần thụ thể Melanocortin-4 và xác định tỉ lệ alen của đa hình nucleotide đơn này ở trẻ em 3-5 tuổi tại Hà Nội. Nghiên cứu đã thiết kế được các đoạn mồi để xác định alen của đa hình nucleotide đơn rs12970314 gồm mồi xuôi phát hiện alen G: 5'-tcttaccaaacaaagcatgtg-3', phát hiện alen A: 5'-tcttaccaaacaaagcatgta-3'; và mồi ngược: 5'-gtcattcccactaccacctg-3'. Chu trình nhiệt của phản ứng PCR được tối ưu hóa là: 94^oC (3 phút) và 34 chu kỳ: biến tính ở 94^oC (30 giây), gắn mồi ở 54^oC (40 giây), kéo dài ở 72^oC (30 giây), bước kéo dài cuối ở 72^oC (8 phút), kết thúc ở 4^oC. Sản phẩm PCR 208 bp được phát hiện trên gel agarose 2,5% nhuộm redsafe. Kiểu gen được kiểm tra bằng phương pháp giải trình tự gen. Trong toàn bộ mẫu, tỉ lệ kiểu gen GG là lớn nhất (57,5%) và AA là thấp nhất (4%). Tần số của các alen G và A lần lượt là 0,77 và 0,23.

Từ khóa

Thụ thể Melanocortin-4; đa hình nucleotide đơn; rs12970134; phương pháp AS-PCR; trẻ mầm non.

Toàn văn:

PDF (English)

Tài liệu tham khảo

[1]. N. Balthasar et al., "Divergence of melanocortin pathways in the control of food intake and energy expenditure," Cell, vol. 123, no. 3, pp. 493-505, 2005.

[2]. K. G. Mountjoy and J. M. Wild, "Melanocortin-4 receptor mRNA expression in the developing autonomic and central nervous systems," Developmental brain research, vol. 107, no. 2, pp. 309-314, 1998.

[3]. F. Geller et al., "Melanocortin-4 receptor gene variant I103 is negatively associated with obesity," The American Journal of Human Genetics, vol. 74, no. 3, pp. 572-581, 2004.

[4]. J. C. Chambers et al., "Common genetic variation near MC4R is associated with waist circumference and insulin resistance," Nature genetics, vol. 40, no. 6, p. 716, 2008.

[5]. D. Albuquerque, C. Nóbrega, R. Rodríguez-López, and L. Manco, "Association study of common polymorphisms in MSRA, TFAP2B, MC4R, NRXN3, PPARGC1A, T MEM18, SEC16B, HOXB5 and OLFM4 genes with obesity-related traits among Portuguese children," Journal of human genetics, vol. 59, no. 6, p. 307, 2014.

[6]. L. F. Been et al., "Replication of association between a common variant near melanocortin‐4 receptor gene and obesity‐related traits in Asian Sikhs," Obesity, vol. 18, no. 2, pp. 425-429, 2010.

[7]. O. P. Dwivedi et al., "Strong influence of variants near MC4R on adiposity in children and adults: a cross-sectional study in Indian population," Journal of human genetics, vol. 58, no. 1, pp. 27, 2013.

[8]. A. A. Batarfi et al., "MC4R variants rs12970134 and rs17782313 are associated with obese polycystic ovary syndrome patients in the Western region of Saudi Arabia," BMC medical genetics, vol. 20, no. 1, pp. 144, 2019.

[9]. H. Huang et al., "Implication of genetic variants near TMEM18, BCDIN3D/FAIM2, and MC4R with coronary artery disease and obesity in Chinese: a angiography-based study," Molecular biology reports, vol. 39, no. 2, pp. 1739-1744, 2012.

[10]. M. Bazzi et al., "Association between FTO, MC4R, SLC30A8, and KCNQ1 gene variants and type 2 diabetes in Saudi population," Genet Mol Res, vol. 13, no. 4, pp. 10194-10203, 2014.

[11]. B. Xi et al., "Association between common polymorphism near the MC4R gene and obesity risk: a systematic review and meta-analysis," PloS one, vol. 7, no. 9, p. e45731, 2012.

[12]. D. P. Zobel et al., "Variants near MC4R are associated with obesity and influence obesity-related quantitative traits in a population of middle-aged people: studies of 14,940 Danes," Diabetes, vol. 58, no. 3, pp. 757-764, 2009.

[13]. R. J. Loos et al., "Common variants near MC4R are associated with fat mass, weight and risk of obesity," Nature genetics, vol. 40, no. 6, p. 768, 2008.

[14]. M. N. Darawi et al., "Allele-specific polymerase chain reaction for the detection of Alzheimer’s disease-related single nucleotide polymorphisms," BMC medical genetics, vol. 14, no. 1, p. 27, 2013.

[15]. National Center for Biotechnology Information, "dbSNP short genetic variations", 2019. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/snp_ref.cgi?do_not_redirect&rs=rs12970134. [Accessed Aug. 11, 2019].

[16]. P. Wangkumhang et al., "WASP: a Web-based Allele-Specific PCR assay designing tool for detecting SNPs and mutations," BMC Genomics, vol. 8, no. 1, pp. 275-283, 2007.

[17]. W. Rychlik, Oligo 7. [CD-ROM]. Cascade, Co: Molecular Biology Insights, 2009.

[18]. J. Kent, "UCSC In-Silico PCR", 2013. [Online]. Available: http://genome.ucsc.edu/cgibin/hgPcr?command=start. [Accessed Aug. 12, 2019].

[19]. D. T. T. Le, T. T. T. Nguyen, N. V. Savvina, and T. T. Le, "Genotyping method and frequency of genotypes of single nucleotide polymorphism of the leptin receptor gene (LEPR-rs1137101) in preschool children in Vietnam," (In Russia), Pediatria named after G.N. Speransky, vol. 99, no. 1, pp. 121-126, 2020.

[20]. MediaWiki and National Center for Biotechnology Information, “SNPedia”, Dec. 07, 2019. [Online]. Available: https://www.snpedia.com/index.php/Rs12970134. [Accessed Feb. 7, 2020].

[21]. G. T. Marth, E. Czabarka, J. Murvai, and S. T. Sherry, "The allele frequency spectrum in genome-wide human variation data reveals signals of differential demographic history in three large world populations," Genetics, vol. 166, no. 1, pp. 351-372, 2004.

DOI: https://doi.org/10.34238/tnu-jst.2020.05.2604

Các bài báo tham chiếu

Hiện tại không có bài báo tham chiếu



Ghi nhớ