SỬ DỤNG ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI VÀ GEN CHỈ THỊ trnH-psbA ĐỂ NHẬN DẠNG LAN HÀI ĐUÔI CÔNG (Paphiopedilum gratrixianum)

Nguyễn Thị Hải Yến; Ngô Xuân Quảng; Chu Hoàng Mậu; Đỗ Tiến Phát

doi:10.34238/tnu-jst.4549

SỬ DỤNG ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI VÀ GEN CHỈ THỊ trnH-psbA ĐỂ NHẬN DẠNG LAN HÀI ĐUÔI CÔNG (Paphiopedilum gratrixianum)

Thông tin bài báo

Ngày nhận bài: 25/05/21 Ngày hoàn thiện: 03/06/21 Ngày đăng: 21/06/21

Các tác giả

1. Nguyễn Thị Hải Yến , Trường Đại học Khoa học – ĐH Thái Nguyên
2. Ngô Xuân Quảng, Viện Sinh học nhiệt đới - Viện Hàn Lâm khoa học và Công nghệ Việt Nam Học viện Khoa học và Công nghệ - Viện Hàn Lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam
3. Chu Hoàng Mậu, Trường Đại học Sư phạm – ĐH Thái Nguyên
4. Đỗ Tiến Phát, Viện Công nghệ Sinh học - Viện Hàn Lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam Học viện Khoa học và Công nghệ - Viện Hàn Lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam

Tóm tắt

Chi lan hài (Paphiopedilum) là chi lan đặc biệt được yêu thích bởi màu sắc đa dạng và cấu trúc hoa độc đáo. Để bảo vệ những loài lan này, việc phát triển các phương pháp nhận diện, phân biệt chúng là vô cùng cần thiết, đặc biệt Paphiopedilum là chi mang nhiều loài có độ tương đồng cao về hình thái thân lá. Bài báo trình bày kết quả phân tích chi tiết hình thái lan hài Đuôi công (P. gratrixianum) có nguồn gốc tại Lào Cai, kết hợp với việc xác định trình tự gen trnH-psbA để nhận diện loài này. Kết quả giải trình tự gen trnH-psbA phân lập từ mẫu P. gratrixianum nghiên cứu đã thu được đoạn gen có kích thước 691 bp. Khi so sánh với các trình tự trên ngân hàng gen NCBI cho thấy trình tự đoạn gen trnH-psbA của P. gratrixianum nghiên cứu có độ tương đồng lên đến 99,32% với gen trnH-psbA của P. gratrixianum phân lập tại Trung Quốc (mã số MV284890.1). Trên sơ đồ phân loại hình cây thiết lập dựa vào trình tự gen trnH-psbA, P. gratrixianum nghiên cứu có quan hệ họ hàng gần gũi với hài Trần liên của Việt Nam (P. tranlienianu - MW794124.1), P. spicerianum (loài đặc hữu của Ấn Độ - NC_502702.1) và P. barbigerum (loài hài được tìm thấy lần đầu ở Trung Quốc - MN153814.1, NC_050870.1).

Từ khóa

Nhận dạng; trnH-psbA; P. gratrixianum; Mã vạch; Lào Cai

Toàn văn:

PDF

Tài liệu tham khảo

[1] L. Averyanov, P. Cribb, K. L. Phan, and T. H. Nguyen, Slipper Orchids of Vietnam. Bird Life, Royal Botanic Gardens KEW; World Bank: Ho Chi Minh City, Vietnam, 2004, p. 308.

[2] U.C.N. The IUCN, Red List of Threatened Species, IUCN: Gland, Switzerland, 2019.

[3] Vietnam Red Book - Plant – pp 461, 2007

[4] L. C. De, D. R. Singh, and R. K. Singh, “Morphological characterization in Mokara Orchids,” Int. J. Biosci., vol. 15, pp. 31-41, 2019.

[5] P. D. Hebert, A. Cywinska, S. L. Ball, and J. R. deWaard, “Biological identifications through DNA barcodes,” Proc Biol Sci, vol. 270, pp. 313-321, 2003.

[6] CBOL Plant Working Group, “A DNA barcode for land plants,” Proc Natl Acad Sci USA, vol. 106, pp. 12794-12797, 2009, doi: 10.1073/pnas.0905845106.

[7] W. J. Kress and D. L. Erickson, “A two‑locus global DNA barcode for land plants: the coding rbcL gene complements the non‑coding trnH‑psbA spacer region,” PLoS ONE, vol. 2, no. 6, 2007, Art. no. e508, doi: https://doi.org/10.1371/journ al.pone.0000508.

[8] M. Bolson, E. Smidt, M. L. Brotto, and V. Silva‑Pereira, “ITS and trnH‑psbA as efficient DNA Barcodes to identify threatened commercial woody angiosperms from southern Brazilian Atlantic rainforests,” PLOS ONE, vol. 10, 2015, Art. no. e0143049, doi: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0143049.

[9] P. M. Hollingsworth, L. L. Forrest, and J. L. Spouge, “A DNA barcode for land plants,” Proc Natl Acad Sci USA, vol. 106, pp. 12794-12797, 2009.

[10] T. H. T. Vu, A. K. Tran, Q. cL. Vu , T. L. Le, C. H. Pham, and H. D. Tran, “Genetic characteristics of the endemic orchid species Paphiopedilum delenatii in Vietnam,” Viet Nam Juornal of sciensce and Techology, vol. 5, pp. 60-64, 2019.

[11] L. V. Averyanov, P. Cribb, K. L. Phan, and T. H. Nguyen, Slipper Orchids of Vietnam, with an Introduction the flora of Vietnam, Royal Botanic Gardens, Kew. Compass Press Limited. 308 p. ISBN 1 84246 047 1, 2003.

[12] G. G. Collins and R. H. Symons, “Extraction of nuclear DNA from grape vine leaves by modified procedure,” Plant Mol Bio Rept, vol. 10, pp. 233-235, 1992.

[13] V. L. Averyanov, O. Gruss, C. X. Canh, P. K. Loc, B. X. Dang, and N. T. Hiep, “Paphiopedilum canhii - a new species from Northern Vietnam,” Orchids, vol. 79, no. 5, pp. 289-290, 2010.

[14] O. Gruss, V. L. Averyanov, C. X. Canh, and N. H. Tuan, “A new variety of a natural hybrid of the genus Paphiopedilum from Vietnam: Paphiopedilum × aspersum var. trantuananhii,” Die Orchidee, vol. 4, pp. 52-54, 2018.

[15] H. Einzmann, N. Schickenberg, and G. Zotz, “Variation in root morphology of epiphytic orchids along small-scale and large-scale moisture gradients,” Acta Brasilica Botanica, vol. 34, pp. 66-73, 2020.

[16] S. Tsiftsis, “Morphological variability of Himantoglossum s.s. (Orchidaceae) in Greece,” Phytotaxa, vol. 245, pp. 17-30, 2016.

[17] F. P. Zhang, J. L. Huang, and S. B. Zhang, “Trait evolution in the slipper orchid Paphiopedilum (Orchidaceae) in China,” Plant Signaling & Behavior., vol. 11, 2016, Art. no. e1149668.

[18] K. Tamura and M. Nei, “Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees,” Molecular Biology and Evolution, vol. 10, pp. 512-526, 1993.

[19] P. Siripiyasing, K. Kaenratana, P. Mokkamul, T. Tanee, R. Sudmoon, and A. Chaveerach, “DNA barcoding of the Cymbidium species (Orchidaceae) in Thailand,” Afr J Agric Res, vol. 7, pp. 393-404, 2012.

[20] A. L. Dian, G. Perwitasari, S. Rohimah, T. Ratnasari, B. Sugiharto, and M. Su’udi, “DNA Barcoding of Medicinal Orchid Dendrobium discolor Lindl. Tanimbar Using rbcL and ITS genes,” Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat, vol. 31, no. 1, p. 8, 2020.

[21] P. Cribb, The genus Paphiopedilum: A kew magaine monograph. The Royal Botanic Gardens, Kew/Timber Press, 1987.

[22] J. S. Kim, H. T. Kim, S. W. Son, and J. H. Kim, “Molecular identification of endangered Korean lady’s slipper orchids (Cypripedium, Orchidaceae) and related taxa,” Botany, vol. 93, pp. 603-610, 2015.

[23] G. S. W. Khew and T. F. Chia, “Parentage determination of Vanda Miss Joaquim (Orchidaceae) through two chloroplast genes rbcL and matK,” AoB Plants, vol. 2011, 2011, doi: 10.1093/aobpla/plr018.

[24] F. C. Ginibun, M. R. M. Saad, T. L. Hong, R. Y. Othman, N. Khalid, and S. Bhassu, “Chloroplast DNA Barcoding of Spathoglottis Species for Genetic Conservation,” Acta Hortuc, vol. 878, pp. 453-460, 2010.

[25] I. Parveen, H. K. Singh, S. Malik, S. Raghuvanshi, and S. B. Babbar, “DNA barcoding of endangered Indian Paphiopedilum species,” Mol Ecol Resour, vol. 12, pp. 82-90, 2012.

[26] H. T. Vu, Q. L. Vu , T. D. Nguyen, N. Tran, T. C. Nguyen, P. N. Luu, D. D. Tran, T. K. Nguyen, and L. Le, “Genetic Diversity and Identification of Vietnamese Paphiopedilum Species Using DNA Sequences,” Biology, vol. 9, no. 1, p. 9, 2020, doi: 10.3390/biology901000.

DOI: https://doi.org/10.34238/tnu-jst.4549

Các bài báo tham chiếu

Hiện tại không có bài báo tham chiếu



Ghi nhớ