Chia sẻ bài báo qua Email NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN TRÊN MỘT SỐ QUẦN THỂ CÁ BỖNG (SPINIBARBUS DENTICULATUS) BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ
Thông tin bài báo
Ngày nhận bài: 13/08/21 Ngày hoàn thiện: 20/09/21 Ngày đăng: 06/10/21Các tác giả
1. Vũ Thị Trang
, Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản I2. Vũ Thị Huyền, Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản I
3. Phạm Hồng Nhật, Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản I
4. Lưu Thị Hà Giang, Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản I
5. Cao Thị Linh Chi, Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản I
6. Đặng Thị Lụa, Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản I; Học Viện Nông nghiệp Việt Nam
7. Lê Văn Khôi, Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản I
Tóm tắt
Ba quần thể cá Bỗng thu tại các tỉnh Hà Giang, Tuyên Quang, Hòa Bình đã được đánh giá đa dạng di truyền dựa trên phân tích trình tự gen COI. Kết quả chỉ ra rằng, 3 quần thể nghiên cứu có mức đa dạng haplotype (Hd) tương đối cao và đa dạng nucleotide (π) ở mức trung bình. Đã phát hiện được 11 haplotype khác nhau trong tổng số 90 trình tự được phân tích. Tất cả trình tự của các haplotype này đã được công bố trên cơ sở dữ liệu NCBI, với số hiệu GenBank từ MW446147 đến MW446157. Về giá trị sai khác di truyền FST cho thấy, giữa 3 quần thể cá Bỗng có sự khác biệt di truyền lớn, trong đó sự sai khác giữa Hà Giang và Tuyên Quang là lớn nhất (0,80807). Kết quả phân tích phương sai phân tử (AMOVA) chỉ ra có sự khác biệt về di truyền của cá Bỗng ở 3 vùng nghiên cứu do phần lớn biến dị di truyền là xảy ra giữa các quần thể (64,83%). Các quần thể có khoảng cách di truyền tương đối lớn và có cấu trúc quần thể rõ ràng. Các dữ liệu phân tích đã cho thấy thiếu sự di cư hoặc dòng chảy gen giữa các quần thể.
Từ khóa
Toàn văn:
PDFTài liệu tham khảo
[1] V. H. Nguyen and S. V. Ngo, Vietnamese freshwater fish, vol. 1 - Carp family (Cyprinidae), Agriculture Publishing House, 2001, pp. 318-320.
[2] T. D. Nguyen, “National Gene Fund Program: Contributing to the development of Spinibarbus denticulatus genetic resources,” (in Vietnamese), Vietnam Journal of Science, Technology and Engineering, no. 9, pp. 30-32, 2018.
[3] L. P. Zheng, J. X. Yang, X. Y. Chen, and W. Y. Wang, “Phylogenetic relationships of the Chinese Labeoninae (Teleostei, Cypriniformes) derived from two nuclear and three mitochondrial genes,” Zoologica Scripta, vol. 39, no. 6, pp. 559-571, 2010.
[4] L. P. Zheng, J. X. Yang, and X. Y. Chen, “Molecular phylogeny and systematics of the Barbinae (Teleostei: Cyprinidae) in China inferred from mitochondrial DNA sequences,” Biochemical Systematics and Ecology, vol. 68, pp. 250-259, 2016.
[5] G. X. Tong, Y. Y. Kuang, L. W. Geng, J. S. Yin, and W. Xu, “The Complete mitochondrial genome of Spinibarbus denticulatus (Oshima),” Mitochondrial DNA, vol. 25, no. 5, pp. 363-364, 2014.
[6] P. Zhu, Y. Zhang, Q. Zhuo, D. Lu, J. Huang, X. Liu, and H. Lin, “Discovery of four estrogen receptors and their expression profiles during testis recrudescence in male Spinibarbus denticulatus,” General and Comparative Endocrinology, vol. 156, no. 2, pp. 265-276, 2008.
[7] X. Liu, H. Su, P. Zhu, Y. Zhang, J. Huang, and H. Lin, “Molecular cloning, characterization and expression pattern of androgen receptor in Spinibarbus denticulatus,” General and Comparative Endocrinology, vol. 160, no. 1, pp. 93-101, 2009.
[8] N. Hubert, R. Hanner, and E. Holm, “Identifying Canadian freshwater fishes through DNA barcodes,” PLoS one, vol. 3, no. 6, p. e2490, 2008.
[9] K. Kohlmann and P. Kersten, “Deeper insight into the origin and spread of European common carp (Cyprinus carpio carpio) based on mitochondrial D-loop sequence polymorphisms,” Aquaculture, vol. 376–379, pp. 97–104, 2013.
[10] J. Zhou, Q. Wu, Z. Wang, and Y. Ye, “Molecular phylogeny of three subspecies of common carp Cyprinus carpio, based on sequence analysis of cytochrome b and control region of mtDNA,” Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research, vol. 42, pp. 266-269, 2004.
[11] R. D. Ward, T. S. Zemlak, and B. H. Innes, “DNA barcoding Australia's fish species,” Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, vol. 360, no. 1462, pp. 1847-1857, 2005.
[12] J. Sambrook and D. Russell, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001.
[13] S. G. Kumar, G. Stecher, and K. Tamura, “MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 for Bigger Datasets,” Molecular Biology and Evolution, vol. 33, no. 7, pp. 1870-1874, 2016.
[14] J. Rozas, A. Ferrer-Mata, and J. C. Sánchez-DelBarrio, “DnaSP 6: DNA sequence polymorphism analysis of large data sets,” Molecular Biology and Evolution, vol. 34, no. 12, pp. 3299-3302, 2017.
[15] L. Excoffier, G. Laval, and S. Schneider, “Arlequin ver. 3.0: An integrated software package for population genetics data analysis,” Evolutionary Bioinformatics, vol. 1, pp. 47-50, 2005.
[16] H. J. Bandelt, P. Forster, and A. Röhl, “Median-joining networks for inferring intraspecific phylogenies,” Molecular Biology and Evolution, vol. 16, pp. 37-48, 1999.
[17] M. Wang, J. X. Yang, and X. Y Chen, “Molecular phylogeny and biogeography of percocypris (Cyprinidae, Teleostei),” PloS one, vol. 8, no. 6, pp. e61827-e61827, 2013.
[18] T. T. H. Tran, T. H. Nguyen, P. T. Ngo, and N. A. H. Tran, “Genetic diversity of tra catfish populations in Vietnam using cytochrome b gene,” Scientific Journal - Vinh University, vol. 46, no. 4A, pp. 21-31, 2017.
[19] E. Bazin, S. Glémin, and N. Galtier, “Population size does not influence mitochondrial genetic diversity in animals,” Science, vol. 312, no. 5773, pp. 570-572, 2006.
[20] S. L. Boyer, J. M. Baker, G. Giribet, “Deep genetic divergences in Aoraki denticulata (arachnida, opiliones, cyphophthalmi): a widespread ‘mite harvestman' defies DNA taxonomy,” Molecular Ecology, vol. 16, pp. 4999-5016, 2007.
[21] L. Cárdenas, J. C. Castilla, and F. Viard, “A phylogeographical analysis across three biogeographical provinces of the south-eastern Pacific: the case of the marine gastropod Concholepas concholepas,” Journal of biogeography, vol. 36, pp. 969-981, 2009.
[22] J. A. Haig, R. M. Connolly, and J. M. Hughes, “Little shrimp left on the shelf: the roles that sea-level change, ocean currents and continental shelf width play in the genetic connectivity of a seagrass-associated species,” Journal of biogeography, vol. 37, pp. 1570-1583, 2010.
[23] J. P. Wares, “Natural distributions of mitochondrial sequence diversity support new null hypotheses,” Evolution, vol. 64, pp. 1136-1142, 2010.
[24] B. S. Weir and C. C Cockerham, “Estimating F-Statistics for the Analysis of Population Structure,” Evolution, vol. 38, no. 6, pp. 1358-1370, 1984.
[25] K. Tamura, M. Nei, and S. Kumar, “Prospects for inferring very large phylogenies by using the neighbor-joining method,” Proceedings of the National Academy of Sciences (USA), vol. 101, pp. 11030-11035, 2004.
[26] M. Nei, “Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals,” Genetics, vol. 89, no. 3, pp. 83-90, 1978.
[27] V. S. Baisvar, M. Singh, and R. Kumar, “Population structuring of Channa striata from Indian waters using control region of mtDNA,” Mitochondrial DNA A DNA Mapp Seq Anal, vol. 30, no. 3, pp. 414-423, 2019.
[28] T. T. H. Tran, T. H. G. Luu, T. T. Vu, H. N. Pham, and T. V. Phan, “Identification and Genetic Assessment of the Pompano Based on the Molecular Markers,” Vietnam Agricultural Science Journal, vol. 17, no. 3, pp. 204-215, 2019.
[29] L. Excoffier, P. E. Smouse, and J. M. Quattro, “Analysis of molecular variance inferred from metric distances among dna haplotypes: Application to human mitochondrial dna restriction data,” Genetics, vol. 131, pp. 479-491, 1992.DOI: https://doi.org/10.34238/tnu-jst.4890
Các bài báo tham chiếu
- Hiện tại không có bài báo tham chiếu