NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA LOÀI CÁ ANH VŨ Semilabeo obscurus TRÊN ĐỊA BÀN TỈNH THÁI NGUYÊN DỰA VÀO TRÌNH TỰ GEN COI

Phạm Hồng Nhật; Vũ Thị Trang; Trần Viết Vinh; La Văn Công; Trần Thị Mai Hương; Nguyễn Đức Tuân

doi:10.34238/tnu-jst.6985

NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA LOÀI CÁ ANH VŨ Semilabeo obscurus TRÊN ĐỊA BÀN TỈNH THÁI NGUYÊN DỰA VÀO TRÌNH TỰ GEN COI

Thông tin bài báo

Ngày nhận bài: 23/11/22 Ngày hoàn thiện: 14/04/23 Ngày đăng: 19/04/23

Các tác giả

1. Phạm Hồng Nhật , Viện Nghiên cứu Nuôi trồng thủy sản I
2. Vũ Thị Trang, Viện Nghiên cứu Nuôi trồng thủy sản I
3. Trần Viết Vinh, Công ty TNHH Phát triển Nông nghiệp Thảo Vân
4. La Văn Công, Công ty TNHH Phát triển Nông nghiệp Thảo Vân
5. Trần Thị Mai Hương, Viện Nghiên cứu Nuôi trồng thủy sản I
6. Nguyễn Đức Tuân, Viện Nghiên cứu Nuôi trồng thủy sản I

Tóm tắt

Cá Anh vũ (Semilabeo obscurus) là một trong những loài bản địa có giá trị kinh tế, phân bố chủ yếu trên các sông của miền núi phía Bắc, trong đó có tỉnh Thái Nguyên. Trong nghiên cứu này, 4 quần đàn cá Anh vũ thu tại thành phố Sông Công, Võ Nhai, Đại Từ và thành phố Thái Nguyên được phân tích đánh giá đa dạng và phát sinh loài dựa vào phân tích trình tự đoạn gen Cytochrome C oxidase subunit I (COI) của vùng gen ty thể. Kết quả nghiên cứu cho thấy, quan hệ di truyền giữa các quần thể là tương đối tỷ lệ thuận với khoảng cách địa lý của các con sông trên địa bàn tỉnh Thái Nguyên. Đa dạng di truyền haplotype và đa dạng nucleotide trong quần đàn Võ Nhai và thành phố Sông Công cao hơn so với đàn cá Đại Từ và thành phố Thái Nguyên. Sai khác di truyền lớn theo cặp giữa đàn cá Anh vũ Võ Nhai - Đại Từ và Đại Từ - thành phố Sông Công. Cây phát sinh loài phân tử thể hiện quan hệ di truyền xa giữa đàn cá Đại Từ với các đàn cá khác. Kết quả đánh giá đa dạng di truyền loài cá Anh vũ tại Thái Nguyên là cơ sở khoa học để đưa ra giải pháp bảo tồn và phát triển nguồn gen loài cá này.

Từ khóa

Cá Anh vũ; Đa dạng di truyền; Gen COI; Haplotype; Thái Nguyên

Toàn văn:

PDF

Tài liệu tham khảo

[1] MARD, Resources of Vietnam's Fisheries. Hanoi Agricultural Publishing Press, p. 216-217, 1996.

[2] S. Wang, "China red data book of endangered animals", National Environmental Protection Agency. Endangered Species Scientific Commision. Science Press, Beijing, China, 1998, p. 247.

[3] T. D. P. Nguyen, T. H. T. Nguyen, V. T. Do, T. T. Nguyen, and H. D. Nguyen, Report on highland aquatic ecosystem services and biodiversity values, including livelihoods, trade, policy, and conservation-oriented inputs to two global online databases. Highland Aquatic Resources Conservation and Sustainable Development (HighARCS), Research Institute for Aquaculture No.1, Viet Nam, p.313-363, 2011.

[4] MSTE, The Red book for animal in Viet Nam, Ministry of Science, Technology and Environment, Hanoi Science and Technology Publishing press, 2007, pp. 127-139.

[5] R. W. Taylor and D. M. Turnbull, "Mitochondrial DNA mutations in human disease," Nature Reviews. Genetics, vol. 6, no. 5, pp. 389-402, 2005.

[6] A. Dudu, S. E. Georgescu, and M. Costache, Evaluation of genetic diversity in fish using molecular markers, Molecular Approaches to Genetic Diversity, 2015, pp. 165-193.

[7] L. P. Zheng, J. X. Yang, X. Y. Chen, and W. Y. Wang, "Phylogenetic relationships of the Chinese Labeoninae (Teleostei, Cypriniformes) derived from two nuclear and three mitochondrial genes," Zoologica Scripta, vol. 39, no. 6, pp. 559-571, 2010.

[8] W. Wang, S. Li, T. Liu, X. Wang, S. Zeng, W. Min, and L. Zhou, "Characterization of the complete mitochondrial genome of an endangered fish Semilabeo obscurus (Cyprinidae; Labeoninae; Semilabeo)," Conservation Genetics Resources, vol. 11, no. 2, pp. 147-150, 2019.

[9] H. L. Han, Q.-H. Zhu, W.-J. Wu, A.-Y. He, J. Shi, and Y.-S. Li, "Characteristics of Mitochondrial Genomes of Semilabeo obscures Analyzed Using Illumina Hiseq 4000 High-throughput Sequencing Technique," Fujian Journal of Agricultural Sciences, vol. 35, no. 2, pp. 130-139, 2020.

[10] T. T. H. Tran, T. T. T. Nguyen, and S. V. Ngo, "Identification of fish in Semilabeo genus using morphological taxonomy and molecular biology methods," Genetics of Aquatic Organisms, vol. 2, no. 1, pp. 23-28, 2018.

[11] The People's Committee of Thai Nguyen province, Decision No. 2861/QD-UBND dated September 16, 2020 on approving the scientific and technological framework project on the provincial gene fund for the period 2021-2025 of the People's Committee of Thai Nguyen province, 2020.

[12] The People's Committee of Thai Nguyen province, Decision No. 1311/QD-UBND dated April 28, 2021 on approving the list of scientific and technological tasks on the provincial gene fund to be implemented from 2021 of the People's Committee of Thai Nguyen province, 2021.

[13] R. D. Ward, T. S. Zemlak, B. H. Innes, P. R. Last, and P. D. Hebert, "DNA barcoding Australia's fish species," Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, vol. 360, no. 1462, pp. 1847-1857, 2005.

[14] J. Rozas, A. Ferrer-Mata, J. C. Sánchez-DelBarrio, S. Guirao-Rico, P. Librado, S. E. Ramos-Onsins, and A. Sánchez-Gracia, "DnaSP 6: DNA sequence polymorphism analysis of large data sets," Molecular Biology and Evolution, vol. 34, no. 12, pp. 3299-3302, 2017.

[15] H. -J. Bandelt, P. Forster, and A. Röhl, "Median-joining networks for inferring intraspecific phylogenies," Molecular Biology and Evolution, vol. 16, no. 1, pp. 37-48, 1999.

[16] L. Excoffier and H. E. Lischer, "Arlequin suite ver 3.5: a new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows," Molecular Ecology Resources, vol. 10, no. 3, pp. 564-567, 2010.

[17] P. H. A. Sneath and R. R. Sokal, Numerical taxonomy. The Principles and Practice of Numerical Classification, WH Freeman and Co., San Francisco, p. 573, 1973.

[18] K. Tamura and M. Nei, "Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees," Molecular Biology and Evolution, vol. 10, no. 3, pp. 512-526, 1993.

[19] S. Kumar, G. Stecher, M. Li, C. Knyaz, and K. Tamura, "MEGA X: molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms," Molecular Biology and Evolution, vol. 35, no. 6, p. 1547, 2018.

[20] J. Song, F. Hou, X. Zhang, B. Yue, and Z. Song, "Mitochondrial genetic diversity and population structure of a vulnerable freshwater fish, rock carp (Procypris rabaudi) in upper Yangtze River drainage," Biochemical Systematics and Ecology, vol. 55, pp. 1-9, 2014.

[21] A. T. Nguyen, H. T. Dao, H. T. Quang, S. Hagihara, P. M. Lokman, and E. L. Damsteegt, "Genetic diversity and population structure of the Giant mottled eel, Anguilla marmorata Quoy & Gaimard, 1824 in Central Vietnam," Fishes, vol. 7, no. 5, p. 286, 2022.

[22] Y. Zhao, X. Zheng, X. Zhu, Y. Kuang, and X. Sun, "Genetic variation of common carp Cyprinus carpio l. in China based on mitochondrial COII gene," Aquaculture Reports, vol. 18, p. 100462, 2020.

[23] T. T. Vu, T. H. Vu, H. N. Pham, T. H. G. Luu, and T. L. C. Cao, "Genetic diversity of Spinibarbus denticulatus populations using molecular marker," NTU Journal of Science & Technology, vol. 266, no. 14, pp. 114-121, 2021.

[24] M. Nei, "Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals," Genetics, vol. 89, no. 3, pp. 583-590, 1978.

[25] G. Laval, M. SanCristobal, and C. Chevalet, "Measuring genetic distances between breeds: use of some distances in various short term evolution models," Genetics Selection Evolution, vol. 34, no. 4, pp. 1-27, 2002.

[26] S. Wright, "Evolution and the Genetics of Populations", The Theory of Gene Frequencies, vol. 2, Sewall Wright, University of Chicago Press, Chicago, 1969, p. 512.

[27] M. Jakobsson, M. D. Edge, and N. A. Rosenberg, "The relationship between F_ST and the frequency of the most frequent allele," Genetics, vol. 193, no. 2, pp. 515-528, 2013.

[28] K. E. Holsinger and B. S. Weir, "Genetics in geographically structured populations: defining, estimating and interpreting FST," Nature Reviews Genetics, vol. 10, no. 9, pp. 639-650, 2009.

[29] D. T. Nguyen, An investigation report on the status of distribution and resources of Anh Vu in Thai Nguyen and conservation solutions, Project of the genetic conservation of Anh vu Semilabeo obscurus in Thai Nguyen province, p. 53, 2022.

[30] H. N. Nguyen, Exploitation and conservation of Anh Vu genetic resources, Final report, Research Institute for Aquaculture No.1, 2008.

DOI: https://doi.org/10.34238/tnu-jst.6985

Các bài báo tham chiếu

Hiện tại không có bài báo tham chiếu



Ghi nhớ