PHÂN TÍCH VÙNG GENE LỤC LẠP, rbcL, PHÂN LẬP  TỪ CÂY LAN TAI CÁO (Hoya parasitica (Roxb.) Wall. ex Wight)

Hoàng Việt Cường; Mai Thị Hoàng Anh; Từ Quang Tân; Chu Hoàng Mậu

doi:10.34238/tnu-jst.7181

PHÂN TÍCH VÙNG GENE LỤC LẠP, rbcL, PHÂN LẬP TỪ CÂY LAN TAI CÁO (Hoya parasitica (Roxb.) Wall. ex Wight)

Thông tin bài báo

Ngày nhận bài: 29/12/22 Ngày hoàn thiện: 30/01/23 Ngày đăng: 31/01/23

Các tác giả

1. Hoàng Việt Cường, Sở Giáo dục & Đào tạo Thái Nguyên
2. Mai Thị Hoàng Anh, Sở Giáo dục & Đào tạo Thái Nguyên
3. Từ Quang Tân , Trường Đại học Sư phạm - ĐH Thái Nguyên
4. Chu Hoàng Mậu, Trường Đại học Sư phạm - ĐH Thái Nguyên

Tóm tắt

Lan tai cáo (Hoya parasitica (Roxb.) Wall. ex Wight), một loài thực vật sống phụ sinh, vừa là cây cảnh, vừa là cây dược liệu quý. Lan tai cáo chứa nhiều dược chất có hoạt tính sinh học có tác dụng chữa trị một số bệnh ở người. Lan tai cáo có hình thái tương tự một số loài thuộc chi Hoya và họ Thiên lý. Làm thế nào để nhận diện được các loài, các chi trong họ Thiên lý khi hình thái, sự sinh trưởng và phát triển của cây chưa đầy đủ, hoặc mẫu cây bị biến dạng hay ở dạng bột là câu hỏi đặt ra cho nghiên cứu này. Trong công trình này, gene rbcL được phân lập, giải trình tự và phân tích mối quan hệ di truyền của Lan tai cáo ở cấp độ loài và chi bằng phương pháp PCR, giải trình tự nucleptide và phân tích tiến hoá phân tử. Kết quả phân tích cho thấy, gene rbcL có 547 nucleotide, có độ che phủ từ 99 - 100% và tỷ lệ tương đồng với các trình tự rbcL của các loài khác trong họ Thiên lý trên GenBank từ 98,90 - 99,82%. Cây phát sinh chủng loại dựa trên trình tự rbcL của các loài thuộc chi Hoya và các loài thuộc họ Thiên lý đã được thiết lập. Trình tự gen rbcL có thể là ứng cử viên mã vạch DNA lục lạp để định danh ở cấp độ chi.

Từ khóa

Gene rbcL; Lan tai cáo; Mã vạch cpDNA; Phát sinh chủng loại; Tiến hoá phân tử

Toàn văn:

PDF

Tài liệu tham khảo

[1] Madicinal Search, “Hoya parasitica (Roxb.) Wall. ex Wight,”. [Online]. Available: https://tracuuduoclieu.vn/hoya-parasitica-roxb-wall-ex-wight-asclepias-parasitica-roxb.html. [Accessed Dec. 26, 2022].

[2] H. H. Pham, Plants of Vietnam. Ho Chi Minh City Youth Publishing House, pp. 473-475, 2003.

[3] T. T. H. Pham, T. T. H. Nguyen, T. P. T. Cao, T. N. L. Nguyen, Q. T. Tu, and H. M. Chu, “Morphological and anatomical characteristics of wild and in vitro of Hoya parasitica Wall. ex Wight,” TNU Journal of Science and Technology, vol. 228, no. 01, pp. 401-407, 2022.

[4] P. D. N. Hebert, E. H. Penton, J. M. Burns, D. H. Janzen, and W. Hallwachs, "Ten species in one: DNA barcoding reveals cryptic species in the Neotropical skipper butterfly Astraptes fulgerator," Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 101, pp. 14812-14817, 2004.

[5] V. Manzanilla, A. Kool, and N. L. Nguyen, “Phylogenomics and barcoding of Panax: toward the identification of ginseng species,” BMC Evol Biol., vol. 18, no. 44, 2018, doi: 10.1186/s12862-018-1160-y.

[6] H. Ledford, “Botanical identities,” Nature, vol. 451, 2008, Art. no. 616, doi: 10.1038/451616b.

[7] T. T. H. Le, D. B. Hugo, M. Vincent, V. H. Ha, and V. H. Nong, “Genome sequencing in plants and the genus Panax L,” VAST Journal of Biotechnology, vol. 14, pp. 1-13, 2016.

[8] Y. Lee, Y. I. Kim, S. Y. Kim, T. B. Tran, S. Eum, T. T. Nguyen, and S. Choi, “The complete chloroplast genome sequence of avulnerable legume species Dalbergiatonkinensis prain in Vietnam,” Mitochondrial DNA Part B, vol. 4, pp. 2604-2605, 2019, doi: 10.1080/23802359.2019.1641441.

[9] H. Q. Nguyen, T. N. L. Nguyen, T. N. Doan, T. T. N. Nguyen, M. H. Pham, T. L. Le, D. T. Sy, and H. M. Chu, “Complete chloroplast genome of novel Adinandra megaphylla Hu species: molecular structure, comparative and phylogenetic analysis,” Sci Rep. vol. 11, 2021, Art. no. 11731, doi: 10.1038/s41598-021-91071-z.

[10] M. Guo, C. Yuan, L. Tao, Y. Cai, and W. Zhang, “Life Barcoded by DNA Barcodes,” Conservation Genetics Resources, vol. 14, pp. 351-365, 2022.

[11] C. P. W. Group, “A DNA Barcode for Land Plants,” PNAS., vol. 106, pp. 12794-12797, 2009.

[12] N. Sundari and N. Papuangan, “Amplification and Analysis of Rbcl Gene (Ribulose-1,5-Bisphosphate Carboxylase) of Clove in Ternate Island,” IOP Conf. Series: Earth and Environmental Science, vol. 276, 2019, Art. no. 012061, doi: 10.1088/1755-1315/276/1/012061.

[13] C. Bathellier, L. J. Yu, G. D. Farquhar, and G. Tcherkez, “Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/ oxygenase activates O₂ by electron transfer,” PNAS, vol. 117, pp. 24234-24242, 2020, doi: 10.1073/pnas.2008824117.

[14] M. Hasebe, T. Omori, M. Nakazawa, T. Sano, M. Kato, and K. Iwatsuki, “rbcL gene sequen provide evidence for the evolutionary lineages of leptosporangiate ferns,” Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 91, pp. 5730-5734, 1994.

[15] S. G. Newmaster, A. J. Fazekas, and S. Ragupathy, “DNA barcoding in land plants: evaluation of rbcL in a multigene tiered approach,” Canadian Journal of Botany, vol. 84, pp. 335-341, 2006.

[16] E. A. Kellogg and N. D. Juliano, “The structure and function of RuBisCO and their Implications for Systematic Studies,” American Journal of Botany, vol. 84, pp. 413-428, 1997.

[17] M. A. S. Maroof, K. M. Soliman, R. A. J. Orgensen, and R. W. Allard, “Ribosomal DNA spacer–length polymorphism in barley: Mendelian inheritance, chromosomal location, and population dynamics,” PNAS, vol. 81, pp. 8014-8019, 1984.

[18] S. Kumar, G. Stecher, M. Li, C. Knyaz, and K. Tamura, “MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across computing platforms,” Molecular Biology and Evolution, vol. 35, pp. 1547-1549, 2018.

[19] K. Tamura and M. Nei, “Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees,” Molecular Biology and Evolution, vol. 10, pp. 512-526, 1993.

[20] J. Felsenstein, “Confidence limits on phylogenies: An approach using the bootstrap,” Evolution, vol. 39, pp. 783-791, 1985.

[21] S. Sundari, I. Khadijah, A. M Jayali, and N. H. Sukamto, “The application of barcode DNA rbcL gene for identification of medicinal plants: red jabon and gofasa,” IOP Conf. Series: Journal of Physics: Conf. Series, vol. 1146, 2019, Art. no. 012030, doi: 10.1088/1742-6596/1146/1/012030.

[22] S. O. Bafeel, I. A. Arif, M. A. Bakir, A. A. Al Homaidan, A. H. Al Farhan, and H. A. Khan, “DNA barcoding of arid wild plants using rbcL gene sequences,” Genet. Mol. Res., vol. 11, pp. 1934-1941, 2012.

DOI: https://doi.org/10.34238/tnu-jst.7181

Các bài báo tham chiếu

Hiện tại không có bài báo tham chiếu



Ghi nhớ