MÃ VẠCH DNA CỦA LOÀI TU HÀI (Lutraria rhynchaena)  Ở HUYỆN VÂN ĐỒN, TỈNH QUẢNG NINH

Triệu Anh Tuấn; Thái Thanh Bình; Nguyễn Xuân Viết

doi:10.34238/tnu-jst.5807

MÃ VẠCH DNA CỦA LOÀI TU HÀI (Lutraria rhynchaena) Ở HUYỆN VÂN ĐỒN, TỈNH QUẢNG NINH

Thông tin bài báo

Ngày nhận bài: 04/04/22 Ngày hoàn thiện: 28/04/22 Ngày đăng: 29/04/22

Các tác giả

1. Triệu Anh Tuấn , Trường Đại học Hùng Vương
2. Thái Thanh Bình, Trường Cao đẳng Kinh tế, Kỹ thuật và Thủy sản
3. Nguyễn Xuân Viết, Trường Đại học Sư phạm Hà Nội

Tóm tắt

Tu hài (Lutraria rhynchaena) là loài nhuyễn thể hai mảnh vỏ, phân bố chủ yếu tại Vân Đồn, tỉnh Quảng Ninh. Tu hài hiện nay đang được khai thác và nuôi để làm thực phẩm. Nghề nuôi tu hài cũng có nguy cơ thiếu bền vững do dịch bệnh thường xuyên xảy ra. Hiện tượng di nhập tu hài nước ngoài về tiêu thụ tại Việt Nam rất phổ biến. Mặt khác, việc định danh loài tu hài ở Việt Nam còn chưa thật sự rõ ràng và chủ yếu dựa vào hình thái. Nghiên cứu này, dựa trên cơ sở khai thác trình tự vùng gen Cytochrome c oxydase subunit I (COI) của 5 loài tu hài được công bố trên GenBank để xây dựng mã vạch DNA phục vụ công tác phân loại hoặc truy xuất nhanh nguồn gốc các sản phẩm tu hài trên thị trường hiện nay. Đánh giá mức độ tương đồng các trình tự vùng gene COI được thực hiện bằng công cụ BLAST, so sánh trình tự nucleotide được thực hiện bằng chương trình BioEdit, khoảng cách di truyền giữa các trình tự được xác định bằng phần mềm MEGA X. Kết quả nghiên cứu đã xây dựng được cây phát sinh chủng loại phân tách riêng từng loài tu hài nghiên cứu và quan hệ tiến hóa giữa chúng, đồng thời xây dựng được mã vạch DNA từ trình tự vùng gene COI (658 bp) của tu hài Việt Nam.

Từ khóa

Tu hài; Mã vạch DNA; Cytochrome c oxidase subunit I (COI); Lutraria rhychaena; Vân Đồn

Toàn văn:

PDF

Tài liệu tham khảo

[1] N. T. Dang and T. H. Ho, Fundamentals of Hydrobiology. Publishing House for Science and Technology, Hanoi, 2007.

[2] A. T. Trieu, T. B. Thai, X. V. Nguyen, and H. S. Bui, “Current situation of resources and Lutraria rhynchaena) in Van Don district, Quang Ninh province,” TNU Journal of Science and Technology, vol. 226, no. 10, pp. 211-219, 2021.

[3] P. D. N. Hebert, A. Cywinska, S. L. Ball, and J. R deWaard, “Biological identifications through DNA barcodes,” Proc Biol Sci, vol. 270, no. 1512, pp. 313-321, 2003.

[4] P. Taberlet, G. Pautou, and J. Bouvet, “Universal primer for amplification of three non-codding regions of chloroplast DNA,” Plant Molecular Biology, vol. 17, pp. 1105-1109, 2007.

[5] J. A. Castro, A. Picornell, and M. Ramon, “Mitochondrial DNA: a tool for populational genetics studies,” Int Microbiol, vol. 1, no. 4, pp. 327-332, 1998.

[6] N. Knowlton and L. A. Weigt, “New dates and new rates for divergence across the isthmus of Panama,” Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, vol. 265, no. 1412, pp. 2257-2263, 1998.

[7] T. B. Thai, V. H. Nguyen and V. H. Luu, “Application of DNA barcoding markers to classify Spotted babylon,” Vietnam Science and Technology, vol. 13, no. 2, pp. 49-52, 2017.

[8] K. K. S. Layton, A. L. Martel, and P. D. N. Hebert, “Patterns of DNA Barcode Variation in Canadian Marine Molluscs,” PLoS ONE, vol. 9, no. 4, p. e95003, 2014.

[9] H. V. der Bank and G. Richard, “A pioneer survey and DNA barcoding of some commonly found gastropod molluscs on Robben Island,” ZooKeys, vol. 481, pp. 15-23, 2015.

[10] K. Katoh, J. Rozewicki, and K. D. Yamada, “MAFFT online service: multiple sequence alignment, interactive sequence choice and visualization,” Briefings in Bioinformatics, vol. 20, pp. 1160-1166, 2019.

[11] S. Kumar, G. Stecher, M. Li, C. Knyaz, and K. Tamura, “MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across Computing Platforms,” Mol Biol Evol, vol. 35, no. 6, pp. 1547-1549, 2018.

[12] M. Nei and S. Kumar, Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University Press, 2000.

[13] A. Stamatakis, “RAxML-VI-HPC, maximum likelihood-based phylogenetic analyses with thousands of taxa and mixed models,” Bioinformatics, vol. 2221, pp. 2688-2690, 2006.

[14] A. Stamatakis, P. Hoover, and J. Rougemont, “A Rapid Bootstrap Algorithm for the RAxML Web Servers,” Systematics Biology, vol. 575, pp. 758-771, 2008.

[15] D. Posada, “jModelTest, phylogenetic model averaging,” Molecular Biology and Evolution, vol. 257, pp. 1253-1256, 2008.

[16] F. Ronquist and J. P. Huelsenbeck, “MrBayes 3, Bayesian phylogenetic inference under mixed models,” Bioinformatics, vol. 19, pp. 1572-1574, 2003.

[17] A. Rambaut and A. J. Drummond, “BEAST: Bayesian evolutionary analysis sampling trees,” BMC Evolutionary Biology, vol.7, no.1, pp. 1-8, 2007.

[18] T. A. Hall, “BioEdit: A User-Friendly Biological Sequence Alignment Editor and Analysis,” Nucleic Acids Symposium Series, vol. 41, pp. 95-98, 1999.

[19] E. Stackebrandt and J. Ebers, “Taxonomic parameters revisited: Tarnished gold standards,” Microbiol Today, vol. 8, pp. 6-9, 2006.

[20] A. N. Holme, “The british species of Lutraria with a Description of Lutraria augustior philippi,” Journal Biol Assoc U. K., vol. 58, no. 3, pp. 557-568, 1959.

[21] Plant Working Group CBOL, “A DNA barcoding for land plants,” Proc Natl Acad Sci U.S.A, vol. 106, no. 31, pp. 12794-12797, 2009.

DOI: https://doi.org/10.34238/tnu-jst.5807

Các bài báo tham chiếu

Hiện tại không có bài báo tham chiếu



Ghi nhớ