ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI VÀ TRÌNH TỰ GEN tnrH-psbA  TRONG PHÂN LOẠI LAN HÀI VỆ NỮ (P. hirsutissimum)

Nguyễn Thị Hải Yến; Ngô Xuân Quảng; Nguyễn Đình Trọng; Đỗ Tiến Phát

doi:10.34238/tnu-jst.4958

ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI VÀ TRÌNH TỰ GEN tnrH-psbA TRONG PHÂN LOẠI LAN HÀI VỆ NỮ (P. hirsutissimum)

Thông tin bài báo

Ngày nhận bài: 08/09/21 Ngày hoàn thiện: 19/10/21 Ngày đăng: 25/10/21

Các tác giả

1. Nguyễn Thị Hải Yến , Trường Đại học Khoa học – ĐH Thái Nguyên
2. Ngô Xuân Quảng, Viện Sinh học nhiệt đới - Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam; Học viện Khoa học và Công nghệ - Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam
3. Nguyễn Đình Trọng, Viện Công nghệ Sinh học - Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam
4. Đỗ Tiến Phát, Viện Công nghệ Sinh học - Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam; Học viện Khoa học và Công nghệ - Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam

Tóm tắt

Lan hài (Paphiopedilum) là một chi nhỏ với khoảng 80 loài nhưng nổi bật trong quá trình tiến hóa của họ Lan. Chi này còn khá đặc biệt bởi hệ thống phân loại phức tạp với nhiều subgenus (phân chi), section (phân tổ) và các quan điểm phân loại khác nhau. DNA barcode ra đời đã hỗ trợ rất nhiều cho các nghiên cứu phân loại ngoài các phương pháp dựa trên hình thái truyền thống. Nghiên cứu trình bày kết quả phân tích hình thái thực vật của lan hài Vệ nữ thu thập tại Thái Nguyên, kết hợp với xác định trình tự gen trnH-psbA để nhận diện, phân nhóm loài lan này. Kết quả xác định trình tự gen trnH-psbA từ mẫu hài Vệ nữ nghiên cứu đã thu được đoạn gen có kích thước 612 bp, độ tương đồng nucleotide đạt 99,34% so với trình tự trnH-psbA loài P. hirsutissimum (mã số MN153815.1) trên Genbank. Cây phân loại được lập dựa trên trình tự trnH-psbA của hài Vệ nữ với 19 trình tự trên ngân hàng gen NCBI cho thấy, trnH-psbA là chỉ thị tiềm năng trong nhận diện và phân loại lan hài. Các nhánh trên cây phân loại phản ánh khá rõ mối quan hệ họ hàng, các loài đều được phân nhóm phù hợp với các section, subgenus so với những công bố phân loại bằng hình thái của nghiên cứu trước đó.

Từ khóa

Phân loại; trnH-psbA; P. hirsutissimum; Mã vạch; Thái Nguyên

Toàn văn:

PDF

Tài liệu tham khảo

[1] L. Averyanov, C. Phillip, P. K. Loc, and N.T. Hiep, Slipper Orchids of Vietnam. With an Introduction to the Flora of Vietnam. Royal Botanic Gardens, Kew. Compass Press Limited. 308 p. ISBN 1 84246 047 1, 2003.

[2] L. Averyanov, P. Cribb, K. L. Phan, and T. H. Nguyen, Slipper Orchids of Vietnam. Bird Life, Royal Botanic Gardens KEW; World Bank: Ho Chi Minh City, Vietnam, 2004, p. 308.

[3] L. Averyanov, “The Orchids of Vietnam. Illustrated survey. Part 1. Subfamilies Apostasioideae, Cypripedioideae and Spiranthoideae,” Turczaninowia, vol. 11, no. 1, pp. 5-168, 2008.

[4] L. Averyanov, “The Orchids of Vietnam, Illustrated survey. Part 2. Subfamily Orchidoideae,” Turczaninowia, vol. 13, no. 2, pp. 5-98, 2010.

[5] L. Averyanov, V. T. Pham, P. K. Loc, N. T. Hiep, C. X. Canh, N. T. Vinh, and N. Q. Hieu, “Paphiopedilum canhii – from Discovery to Extinction,” Orchid Planet, vol. 24, pp. 16-44, 2011.

[6] G. J. Braem and G. R. Gruss, Paphiopedilum subgenus Megastaminodium Braem & Gruss, a new subgenus to accommodate Paphiopedilum canhii. Orchid Dig. 3-164, 2011.

[7] M. Gorniak, D. L. Szlachetko, A. K. Kowalkowska, J. Bohdanowicz, and C. X. Canh, “Taxonomic placement of Paphiopedilum canhii (Cypripedioideae; Orchidaceae) based on cytological, molecular and micromorphological evidence,” Mol Phylogenet Evol, vol. 70, pp. 429-441, 2014.

[8] M. Bolson, E. Smidt, C. de, M. L. Brotto, and V. Silva‑Pereira, “ITS and trnH‑psbA as efficient DNA Barcodes to identify threatened commercial woody angiosperms from southern Brazilian Atlantic rainforests,” PLOS ONE, vol. 10, 2015, Art. no. e0143049, doi: 10.1371/journal.pone.0143049.

[9] P. M. Hollingsworth, L. L. Forrest, and J. L. Spouge, “A DNA barcode for land plants,” Proc Natl Acad Sci USA, vol. 106, pp. 12794-12797, 2009.

[10] T. H. T. Vu, A. K. Tran, Q. L. Vu, T. L. Le, C. H. Pham, and H. D. Tran, “Genetic characteristics of the endemic orchid species Paphiopedilum delenatii in Vietnam,” Viet Nam Juornal of sciensce and Techology, vol. 5, pp. 60-64, 2019.

[11] G. G. Collins and R. H. Symons, “Extraction of nuclear DNA from grape vine leaves by modified procedure,” Plant Mol Bio Rept, vol. 10, pp. 233-235, 1992.

[12] V. L. Averyanov, O. Gruss, C. X. Canh, P. K. Loc, B. X. Dang, and N. T. Hiep, “Paphiopedilum canhii - a new species from Northern Vietnam,” Orchids, vol. 79, no. 5, pp. 289-290, 2010.

[13] O. Gruss, V. L. Averyanov, C. X. Canh, and N. H. Tuan, “A new variety of a natural hybrid of the genus Paphiopedilum from Vietnam: Paphiopedilum × aspersum var. trantuananhii,” Die Orchidee, vol. 4, pp. 52-54, 2018.

[14] F. P. Zhang, J. L. Huang, and S. B. Zhang, “Trait evolution in the slipper orchid Paphiopedilum (Orchidaceae) in China,” Plant Signaling and Behavior., vol. 11, p. e1149668, 2016.

[15] K. Tamura and M. Nei, “Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees,” Molecular Biology and Evolution, vol. 10, pp. 512-526, 1993.

[16] A. L. Dian, G. Perwitasari, S. Rohimah, T. Ratnasari, B. Sugiharto, and M. Su’udi, “DNA Barcoding of Medicinal Orchid Dendrobium discolor Lindl. Tanimbar Using rbcL and ITS genes,” Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat, vol. 31, no. 1, p. 8, 2020.

[17] P. Siripiyasing, K. Kaenratana, P. Mokkamul, T. Tanee, R. Sudmoon, and A. Chaveerach, “DNA barcoding of the Cymbidium species (Orchidaceae) in Thailand,” Afr J Agric Res, vol. 7, pp. 393-404, 2012.

[18] J. S. Kim, H. T. Kim, S. W. Son, and J. H. Kim, “Molecular identification of endangered Korean lady’s slipper orchids (Cypripedium, Orchidaceae) and related taxa,” Botany, vol. 93, pp. 603-610, 2015.

[19] G. S. W. Khew and T. F. Chia, “Parentage determination of Vanda Miss Joaquim (Orchidaceae) through two chloroplast genes rbcL and matK,” AoB Plants, plr018, 2011, pp. 1-12, doi: 10.1093/aobpla/plr018

[20] F. C. Ginibun, M. R. M. Saad, T. L. Hong, R. Y. Othman, N. Khalid, and S. Bhassu, “Chloroplast DNA Barcoding of Spathoglottis Species for Genetic Conservation,” Acta Hortuc, vol. 878, pp. 453-460, 2010.

[21] I. Parveen, H. K. Singh, S. Malik, S. Raghuvanshi, and S. B. Babbar, “DNA barcoding of endangered Indian Paphiopedilum species,” Mol Ecol Resour, vol. 12, pp. 82-90, 2012.

[22] K. H. Trung, T. D. Khanh, L. H. Ham, T. D. Duong, and T. Khoa, “Molecular Phylogeny of the Endangered Vietnamese Paphiopedilum Species Based on the Internal Transcribed Spacer of the Nuclear Ribosomal DNA,” Adv. Stud. Biol., vol. 5, pp. 337-346, 2013.

[23] H. T. Vu, Q. L. Vu , T. D. Nguyen, N. Tran, T. C. Nguyen, P. N. Luu, D. D. Tran, T. K. Nguyen, and L. Le, “Genetic Diversity and Identification of Vietnamese Paphiopedilum Species Using DNA Sequences,” Biology, vol. 9, no. 1, p. 9, 2020, doi: 10.3390/biology901000.

DOI: https://doi.org/10.34238/tnu-jst.4958

Các bài báo tham chiếu

Hiện tại không có bài báo tham chiếu



Ghi nhớ