Chia sẻ bài báo qua Email NGHIÊN CỨU TƯƠNG TÁC VÀ KHAI THÁC DỮ LIỆU BIỂU HIỆN GIỮA CÁC TIỂU PHẦN CỦA YẾU TỐ NHÂN Y Ở LOÀI ĐẬU GÀ (Cicer arietinum)
Thông tin bài báo
Ngày nhận bài: 11/12/19 Ngày hoàn thiện: 31/12/19 Ngày đăng: 13/01/20Các tác giả
1. Chu Đức Hà
, Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam2. Lê Thị Ngọc Quỳnh, Đại học Thủy lợi
Tóm tắt
Nghiên cứu về tương tác protein và mức độ biểu hiện của gen mã hóa protein đích được xem là những công cụ hỗ trợ đắc lực cho việc đưa ra giả thuyết về chức năng của gen. Trong nghiên cứu này, khả năng tương tác giữa ba tiểu phần của nhân tố phiên mã Yếu tố nhân Y (NF-Y) và mức độ biểu hiện của các gen mã hóa đã được phân tích trên cây đậu gà (Cicer arietinum). Kết quả mô hình hóa interactome đã cho thấy tiểu phần CaNF-YB có thể kết hợp chặt chẽ với CaNF-YC thành dạng nhị hợp, sau đó tương tác với CaNF-YA tạo thành phức hợp CaNF-Y hoàn chỉnh, tương tự như ở các loài thực vật khác. Trong đó, bốn dạng kết hợp của ba tiểu phần đã được dự đoán là [(CaNF-YB19/-YC01)/-YA06], [(CaNF-YB19/-YC01)/-YA02], [(CaNF-YB18/-YC01)/-YA06] và [(CaNF-YB18/-YC01)/-YA02]. Tiếp theo, cấu trúc vùng bảo thủ của các tiểu phần CaNF-YA có tương tác đều chứa hai vùng riêng biệt, là đoạn nhận biết, bám DNA và đoạn tương tác với cấu trúc CaNF-YB/YC. Cấu trúc vùng bảo thủ của các tiểu phần CaNF-YB và -YC có tương tác được ghi nhận với hai vùng tương tác với CaNF-YA và với CaNF-YC hoặc CaNF-YB. Khai thác dữ liệu phiên mã trước đây đã chỉ ra rằng các gen mã hóa tiểu phần CaNF-Y có tương tác đều thể hiện mức độ biểu hiện mạnh ở ít nhất một vị trí trong cây. Kết quả của nghiên cứu này đã gợi mở những dẫn liệu quan trọng cho việc định hướng nghiên cứu chức năng của các gen mã hóa tiểu phần CaNF-Y quan tâm.
Từ khóa
Toàn văn:
PDFTài liệu tham khảo
[1]. M. E. Zanetti, C. Ripodas, and A. Niebel, "Plant NF-Y transcription factors: Key players in plant-microbe interactions, root development and adaptation to stress," Biochim Biophys Acta, vol. 1860, no. 5, pp. 645-654, 2017.
[2]. R. Mantovani, "The molecular biology of the CCAAT-binding factor NF-Y," Gene, vol. 239, no. 1, pp. 15-27, 1999.
[3]. W. Yang, Z. Lu, Y. Xiong and J. Yao, "Genome-wide identification and co-expression network analysis of the OsNF-Y gene family in rice," Crop J., vol. 5, no. 1, pp. 21-31, 2017.
[4]. T. N. Quach, H. T. Nguyen, B. Valliyodan, T. Joshi, D. Xu and H. T. Nguyen, "Genome-wide expression analysis of soybean NF-Y genes reveals potential function in development and drought response," Mol Genet Genomics, vol. 290, no. 3, pp. 1095-1115, 2015.
[5]. H. D. Chu, K. H. Nguyen, Y. Watanabe, D. T. Le, T. L. T. Pham, K. Mochida and L. P. Tran, "Identification, structural characterization and gene expression analysis of members of the Nuclear Factor-Y family in chickpea (Cicer arietinum L.) under dehydration and abscisic acid treatments," Int. J. Mol Sci., vol. 19, no. 11, pp. 3290, 2018.
[6]. S. L. Pereira, C. P. Martins, A. O. Sousa, L. R. Camillo, C. P. Araujo, G. M. Alcantara, D. S. Camargo, L. C. Cidade and A. F. Almeida, "Genome-wide characterization and expression analysis of citrus NUCLEAR FACTOR-Y (NF-Y) transcription factors identified a novel NF-YA gene involved in drought-stress response and tolerance," PLoS One, vol. 13, no. 6, pp. e0199187, 2018.
[7]. S. A. Filichkin, M. Ansariola, V. N. Fraser and M. Megraw, "Identification of transcription factors from NF-Y, NAC, and SPL families responding to osmotic stress in multiple tomato varieties," Plant Sci., vol. 274, no. pp. 441-450, 2018.
[8]. D. Szklarczyk et al., "The STRING database in 2017: quality-controlled protein–protein association networks, made broadly accessible," Nucleic Acids Res., vol. 45, no. D1, pp. D362-D368, 2016.
[9]. R. K. Varshney et al., "Draft genome sequence of chickpea (Cicer arietinum) provides a resource for trait improvement," Nat Biotech, vol. 31, no. 3, pp. 240-246, 2013.
[10]. M. A. Larkin et al., "Clustal W and Clustal X version 2.0," Bioinformatics, vol. 23, no. 21, pp. 2947-2948, 2007.
[11]. S. El-Gebali et al., "The Pfam protein families database in 2019," Nucleic Acids Res., vol. 47, no. D1, pp. D427-D432, 2019.
[12]. M. Verma, V. Kumar, R. K. Patel, R. Garg and M. Jain, "CTDB: An integrated chickpea transcriptome database for functional and applied genomics," PLoS One, vol. 10, no. 8, pp. e0136880, 2015.
[13]. I. Letunic and P. Bork, "20 years of the SMART protein domain annotation resource," Nucleic Acids Res., vol. 46, no. D1, pp. D493-D496, 2017.
[14]. V. Calvenzani et al., "Interactions and CCAAT-binding of Arabidopsis thaliana NF-Y subunits," PloS One, vol. 7, no. 8, pp. e42902, 2012.
[15]. D. Hackenberg, Y. Wu, A. Voigt, R. Adams, P. Schramm and B. Grimm, "Studies on differential nuclear translocation mechanism and assembly of the three subunits of the Arabidopsis thaliana transcription factor NF-Y," Mol Plant, vol. 5, no. 4, pp. 876-888, 2012.
[16]. S. K. Burley, X. Xie, K. L. Clark and F. Shu, "Histone-like transcription factors in eukaryotes," Curr. Opin Struct Biol., vol. 7, no. 1, pp. 94-102, 1997.Các bài báo tham chiếu
- Hiện tại không có bài báo tham chiếu