XÁC ĐỊNH CHẤT ỨC CHẾ TIỀM NĂNG MPRO CỦA SARS-COV-2 TỪ CƠ SỞ DỮ LIỆU CÁC HỢP CHẤT CÓ NGUỒN GỐC THẢO MỘC VIỆT NAM BẰNG CÁCH SÀNG LỌC ẢO | Ly | TNU Journal of Science and Technology

XÁC ĐỊNH CHẤT ỨC CHẾ TIỀM NĂNG MPRO CỦA SARS-COV-2 TỪ CƠ SỞ DỮ LIỆU CÁC HỢP CHẤT CÓ NGUỒN GỐC THẢO MỘC VIỆT NAM BẰNG CÁCH SÀNG LỌC ẢO

Thông tin bài báo

Ngày nhận bài: 26/10/21                Ngày hoàn thiện: 20/12/21                Ngày đăng: 28/12/21

Các tác giả

1. Tạ Ngọc Ly Email to author, Trường Đại học Bách Khoa Đà Nẵng - ĐH Đà Nẵng
2. Nguyễn Thị Anh Thư, Trường Đại học Bách Khoa Đà Nẵng - ĐH Đà Nẵng

Tóm tắt


Nghiên cứu nhằm sàng lọc các hợp chất có nguồn gốc từ thảo mộc có khả năng kháng protein SARS-CoV-2 Mpro - là protein có vai trò quan trọng trong việc nhân lên của virus SARS-CoV-2. Thư viện gồm 320 hợp chất có nguồn gốc từ 121 loài thảo dược được sàng lọc thông qua năng lượng liên kết, thuộc tính dược độc học và tương tác phân tử bằng các công cụ tin sinh học. Ba hợp chất tiềm năng nhất là Pyranoamentoflavone, Celastrol, Pomolic acid thể hiện ái lực cao với Mpro, đáp ứng năm quy tắc Lipinski và tương tác phân tử tốt với protein mục tiêu. Các phát hiện cho thấy rằng, các hợp chất được xác định có thể đóng vai trò là các chất dẫn tiềm năng hoạt động như chất ức chế COVID-19 Mpro, đáng được đánh giá và phát triển thêm.

Từ khóa


Sàng lọc ảo; Thảo dược; Mpro; Hợp chất tự nhiên; SARS-CoV-2; COVID-19

Toàn văn:

PDF

Tài liệu tham khảo


[1] M. Johnson, “Wuhan 2019 Novel Coronavirus - 2019-nCoV,” Mater. Methods, vol. 10, no. January, pp. 1-5, 2020, doi: 10.13070/mm.en.10.2867.

[2] M. I. Khan et al., “Comparative genome analysis of novel coronavirus (SARS-CoV-2) from different geographical locations and the effect of mutations on major target proteins: An in silico insight,” PLoS One, vol. 15, no. 9 September, pp. 1-18, 2020, doi: 10.1371/journal.pone.0238344.

[3] M. Tahir ul Qamar, S. M. Alqahtani, M. A. Alamri, and L. L. Chen, “Structural basis of SARS-CoV-2 3CLpro and anti-COVID-19 drug discovery from medicinal plants,” J. Pharm. Anal., vol. 10, no. 4, pp. 313-319, 2020, doi: 10.1016/j.jpha.2020.03.009.

[4] S. Ullrich and C. Nitsche, “The SARS-CoV-2 main protease as drug target,” Bioorganic Med. Chem. Lett., vol. 30, no. 17, p. 127377, 2020, doi: 10.1016/j.bmcl.2020.127377.

[5] Y. Wu et al., “Main protease of SARS-CoV-2 serves as a bifunctional molecule in restricting type I interferon antiviral signaling,” Signal Transduct. Target. Ther., vol. 5, no. 1, p. 221, 2020, doi: 10.1038/s41392-020-00332-2.

[6] Z. Jin et al., “Structure of Mpro from SARS-CoV-2 and discovery of its inhibitors,” Nature, vol. 582, no. 7811, pp. 289-293, 2020, doi: 10.1038/s41586-020-2223-y.

[7] W. Rut et al., “SARS-CoV-2 Mpro inhibitors and activity-based probes for patient-sample imaging,” Nat. Chem. Biol., vol. 17, no. 2, pp. 222-228, 2021, doi: 10.1038/s41589-020-00689-z.

[8] N. H. Shady et al., “Sterols and triterpenes: Antiviral potential supported by in-silico analysis,” Plants, vol. 10, no. 1, pp. 1-34, 2021, doi: 10.3390/plants10010041.

[9] C. A. Fuzo et al., “Drug repurposing to face Covid-19: Celastrol, a potential leading drug capable of inhibiting SARS-CoV-2 replication and induced inflammation,” bioRxiv, vol. 6, p. 2021.04.20.439992, 2021.

[10] Y. B. Ryu et al., “Biflavonoids from Torreya nucifera displaying SARS-CoV 3CLpro inhibition,” Bioorganic Med. Chem., vol. 18, no. 22, pp. 7940-7947, 2010, doi: 10.1016/j.bmc.2010.09.035.

[11] T. L. Do, Vietnamese medicinal plants and herbs. Medicine Publishing House, (In Vietnamese), 2004.

[12] L. C. Chiang, W. Chiang, M. Y. Chang, L. T. Ng, and C. C. Lin, “Antiviral activity of Plantago major extracts and related compounds in vitro,” Antiviral Res., vol. 55, no. 1, pp. 53-62, 2002, doi: https://doi.org/10.1016/S0166-3542(02)00007-4.

[13] V. Barak, T. Halperin, and I. Kalickman, “The effect of Sambucol, a black elderberry-based, natural product, on the production of human cytokines: I. Inflammatory cytokines.,” Eur. Cytokine Netw., vol. 12, no. 2, pp. 290-296, 2001.

[14] L. S. M. Ooi, S. S. M. Sun, and V. E. C. Ooi, “Purification and characterization of a new antiviral protein from the leaves of Pandanus amaryllifolius (Pandanaceae).,” Int. J. Biochem. Cell Biol., vol. 36, no. 8, pp. 1440-1446, Aug. 2004, doi: 10.1016/j.biocel.2004.01.015.

[15] D. Angamuthu, I. Purushothaman, S. Kothandan, and R. Swaminathan, “Antiviral study on Punica granatum L., Momordica charantia L., Andrographis paniculata Nees, and Melia azedarach L., to Human Herpes Virus-3,” Eur. J. Integr. Med., vol. 28, pp. 98-108, 2019, doi: 10.1016/j.eujim.2019.04.008.

[16] C.-K. Tseng, S.-P. Hsu, C.-K. Lin, Y.-H. Wu, J.-C. Lee, and K.-C. Young, “Celastrol inhibits hepatitis C virus replication by upregulating heme oxygenase-1 via the JNK MAPK/Nrf2 pathway in human hepatoma cells,” Antiviral Res., vol. 146, pp. 191-200, 2017, doi: 10.1016/j.antiviral.2017.09.010.

[17] T. Rezanka and K. Sigler, “Sterols and Triterpenoids with Antiviral Activity,” Anti-Infective Agents in Medicinal Chemistry, vol. 8, no. 3. pp. 193-210, 2009, doi: 10.2174/187152109788680207.

[18] N. M. Tam et al., “Potential inhibitors for SARS-CoV-2 Mpro from marine compounds,” RSC Adv., vol. 11, no. 36, pp. 22206-22213, 2021, doi: 10.1039/D1RA03852D.

[19] A. El Aissouq, O. Chedadi, M. Bouachrine, and A. Ouammou, “Identification of Novel SARS-CoV-2 Inhibitors: A Structure-Based Virtual Screening Approach,” J. Chem., vol. 2021, p. 1901484, 2021, doi: 10.1155/2021/1901484.

[20] J. Zhang, K. Zhou, X. Zhang, Y. Zhou, Z. Li, and F. Shang, “Celastrol Ameliorates Inflammation in Human Retinal Pigment Epithelial Cells by Suppressing NF-κB Signaling.,” J. Ocul. Pharmacol. Ther. Off. J. Assoc. Ocul. Pharmacol. Ther., vol. 35, no. 2, pp. 116-123, Mar. 2019, doi: 10.1089/jop.2018.0092.




DOI: https://doi.org/10.34238/tnu-jst.5206

Các bài báo tham chiếu

  • Hiện tại không có bài báo tham chiếu
Tạp chí Khoa học và Công nghệ - Đại học Thái Nguyên
Phòng 408, 409 - Tòa nhà Điều hành - Đại học Thái Nguyên
Phường Tân Thịnh - Thành phố Thái Nguyên
Điện thoại: 0208 3840 288 - E-mail: jst@tnu.edu.vn
Phát triển trên nền tảng Open Journal Systems
©2018 All Rights Reserved