XÁC ĐỊNH, PHÂN TÍCH CẤU TRÚC VÀ PHÂN NHÓM PROTEIN  VẬN CHUYỂN SUCROSE TRONG CÂY CERATOPTERIS RICHARDII

Chu Đức Hà; Hà Thị Quyến; Phạm Châu Thùy; Trần Đăng Khoa; La Việt Hồng; Nguyễn Thị Yến Linh; Trần Văn Tiến; Trịnh Thị Thu Thủy

doi:10.34238/tnu-jst.5793

XÁC ĐỊNH, PHÂN TÍCH CẤU TRÚC VÀ PHÂN NHÓM PROTEIN VẬN CHUYỂN SUCROSE TRONG CÂY CERATOPTERIS RICHARDII

Thông tin bài báo

Ngày nhận bài: 01/04/22 Ngày hoàn thiện: 24/06/22 Ngày đăng: 24/06/22

Các tác giả

1. Chu Đức Hà , Trường Đại học Công nghệ - ĐH Quốc gia Hà Nội
2. Hà Thị Quyến, Trường Đại học Công nghệ - ĐH Quốc gia Hà Nội
3. Phạm Châu Thùy, Trường Đại học Công nghệ - ĐH Quốc gia Hà Nội
4. Trần Đăng Khoa, Trường Đại học Công nghệ - ĐH Quốc gia Hà Nội
5. La Việt Hồng, Trường Đại học Sư phạm Hà Nội 2
6. Nguyễn Thị Yến Linh, Học viện Nông nghiệp Việt Nam
7. Trần Văn Tiến, Học viện Hành chính Quốc gia
8. Trịnh Thị Thu Thủy, Học viện Nông nghiệp Việt Nam

Tóm tắt

Mục tiêu của nghiên cứu nhằm xác định và phân tích các đặc điểm cơ bản của protein vận chuyển đường sucrose (SWEET) ở cây Ceratopteris richardii, một trong số những loài cây dương xỉ cảnh được trồng trong nhà. Bằng việc sàng lọc vùng bảo thủ đặc trưng, tổng số 20 thành viên của họ protein CericSWEET đã được xác định trong hệ tham chiếu của C. richardii. Kết quả so sánh cho thấy số lượng thành viên của họ SWEET đa dạng giữa các loài thực vật. Phân tích vị trí cư trú nội bào cho thấy các protein CericSWEET cư trú tại hầu hết bào quan thiết yếu. Tiếp theo, nhóm CericSWEET có tính chất lý hóa đa dạng, trong khi hầu hết các gen đều có 6 exon tương tự như ở các loài thực vật khác. Dựa vào sơ đồ hình cây Neighbor-Joining, nhóm CericSWEET gồm 3 phân nhóm. Trong đó, hai gen, CericSWEET07 và 12 được dự đoán có thể có chức năng đáp ứng với điều kiện hạn. Bên cạnh đó, nhiều yếu tố điều hòa cis- đáp ứng hạn và abscisic acid đã được phân tích vùng promoter của các gen CericSWEET. Tóm lại, kết quả của nghiên cứu này đã cung cấp những dẫn liệu quan trọng về nhóm CericSWEET ở C. richardii.

Từ khóa

Cấu trúc; Ceratopteris richardii; Đặc tính; Tin sinh học; Vận chuyển sucrose

Toàn văn:

PDF

Tài liệu tham khảo

[1] F. Aram, E. H. García, E. Solgi, and S. Mansournia, “Urban green space cooling effect in cities,” Heliyon, vol. 5, no. 4, pp. e01339, 2019.

[2] O. Leroux, S. Eeckhout, R. Viane, and Z. Popper, “Ceratopteris richardii (C-fern): A model for investigating adaptive modification of vascular plant cell walls,” Front Plant Sci, vol. 4, p. 367, 2013.

[3] D. Marchant, E. Sessa, P. Wolf, K. Heo, W. Barbazuk, P. Soltis, and D. Soltis, “The C-Fern (Ceratopteris richardii) genome: insights into plant genome evolution with the first partial homosporous fern genome assembly,” Sci Reps, vol. 9, no. 1, p. 18181, 2019.

[4] J. Ji, L. Yang, Z. Fang, Y. Zhang, M. Zhuang, H. Lv, and Y. Wang, “Plant SWEET family of sugar transporters: Structure, evolution and biological functions,” Biomolecules, vol. 12, no. 2, p. 205, 2022.

[5] M. Yuan, and S. Wang, “Rice MtN3/saliva/SWEET family genes and their homologs in cellular organisms,” Mol Plant, vol. 6, no. 3, pp. 665-674, 2013.

[6] C. Feng, J. Han, X. Han, and J. Jiang, “Genome-wide identification, phylogeny, and expression analysis of the SWEET gene family in tomato,” Gene, vol. 573, no. 2, pp. 261-272, 2015.

[7] G. Patil, B. Valliyodan, R. Deshmukh, S. Prince, B. Nicander, M. Zhao, H. Sonah, L. Song, L. Lin, J. Chaudhary, Y. Liu, T. Joshi, D. Xu, and H. Nguyen, “Soybean (Glycine max) SWEET gene family: insights through comparative genomics, transcriptome profiling and whole genome re-sequence analysis,” BMC Genomics, vol. 16, p. 520, 2015.

[8] L. Zhao, J. Yao, W. Chen, Y. Li, Y. Lü, Y. Guo, J. Wang, L. Yuan, Z. Liu, and Y. Zhang, “A genome-wide analysis of SWEET gene family in cotton and their expressions under different stresses,” J Cotton Res, vol. 1, p. 7, 2018.

[9] T. Gautam, G. Saripalli, V. Gahlaut, A. Kumar, P. Sharma, H. Balyan, and P. Gupta, “Further studies on sugar transporter (SWEET) genes in wheat (Triticum aestivum L.),” Mol Biol Rep, vol. 46, no. 2, pp. 2327-2353, 2019.

[10] D. Goodstein, S. Shu, R. Howson, R. Neupane, R. Hayes, J. Fazo, T. Mitros, W. Dirks, U. Hellsten, N. Putnam, and D. Rokhsar, “Phytozome: a comparative platform for green plant genomics,” Nucleic Acids Res, vol. 40, pp. D1178 - D1186, 2012.

[11] V. H. La, D. H. Chu, D. C. Tran, H. K. Nguyen, N. Q. Le., M. C. Hoang, P. B. Cao, A. T. Pham, D. B. Nguyen, Q. T. Nguyen, V. L. Nguyen, V. C. Ha, T. H. Le, H. H. Le, D. T. Le, and T. P. Lam-Son, “Insights into the gene and protein structures of the CaSWEET family members in chickpea (Cicer arietinum), and their gene expression patterns in different organs under various stress and abscisic acid treatments,” Gene, vol. 819, p. 146210, 2022.

[12] S. Briesemeister, R. Jörg, and O. Kohlbacher, “YLoc - An interpretable web server for predicting subcellular localization,” Nucleic Acids Res, vol. 38, pp. W497-W502, 2010.

[13] E. Gasteiger, A. Gattiker, C. Hoogland, I. Ivanyi, R. Appel, and A. Bairoch, “ExPASy: the proteomics server for in-depth protein knowledge and analysis,” Nucleic Acids Res, vol. 31, no. 13, pp. 3784-3788, 2003.

[14] S. Kumar, G. Stecher, and K. Tamura, “MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets,” Mol Biol Evol, vol. 33, no. 7, pp. 1870-1874, 2016.

[15] B. Hu, J. Jin, A. Guo, H. Zhang, J. Luo, and G. Gao, “GSDS 2.0: an upgraded gene feature visualization server,” Bioinformatics, vol. 31, no. 8, pp. 1296-1297, 2015.

[16] S. Jiang, B. Balan, R. Assis, C. Sagawa, X. Wan, S. Han, L. Wang, L. Zhang, P. Zaini, S. Walawage, A. Jacobson, S. Lee, L. Moreira, C. Leslie, and A. Dandekar, “Genome-wide profiling and phylogenetic analysis of the SWEET sugar transporter gene family in walnut and their lack of responsiveness to Xanthomonas arboricola pv. juglandis infection,” Int J Mol Sci, vol. 21, no. 4, p. 1251, 2020.

[17] H. D. Chu, K. H. Nguyen, Y. Watanabe, D. T. Le, T. L. T. Pham, K. Mochida, and L. -S. P. Tran, “Identification, structural characterization and gene expression analysis of members of the Nuclear factor-Y family in chickpea (Cicer arietinum L.) under dehydration and abscisic acid treatments,” Int J Mol Sci, vol. 19, p. 3290, 2018.

DOI: https://doi.org/10.34238/tnu-jst.5793

Các bài báo tham chiếu

Hiện tại không có bài báo tham chiếu



Ghi nhớ