NGHIÊN CỨU MỐI QUAN HỆ PHÁT SINH  CỦA MỘT SỐ LOÀI NGHỆ CURCUMA TẠI VIỆT NAM

Lê Chí Toàn

doi:10.34238/tnu-jst.9341

NGHIÊN CỨU MỐI QUAN HỆ PHÁT SINH CỦA MỘT SỐ LOÀI NGHỆ CURCUMA TẠI VIỆT NAM

Thông tin bài báo

Ngày nhận bài: 04/12/23 Ngày hoàn thiện: 05/03/24 Ngày đăng: 11/03/24

Các tác giả

Lê Chí Toàn , Trường Đại học Sư phạm Hà Nội 2

Tóm tắt

Chi nghệ Curcuma L. là một trong những thành viên lớn nhất của họ Gừng Zingiberaceae với khoảng 120 loài. Các loài Curcuma có vai trò quan trọng về kinh tế, dược liệu, cảnh quan và văn hóa. Một số nghiên cứu nhằm tìm hiểu sự đa dạng thành phần loài và mối quan hệ phát sinh của Curcuma đã được tiến hành, tuy vậy mối quan hệ phát sinh loài của Curcuma ở Việt Nam vẫn chưa được làm rõ. Nghiên cứu này dựa trên việc lấy mẫu phân loại toàn diện của Curcuma và dữ liệu phân tử từ 4 vùng DNA (ITS, matK, psbA-trnH và trnL-F) đã ủng hộ nghệ là nhóm đơn phát sinh. Ba nhánh phát sinh chính tương ứng với ba phân chi của Curcuma đã được ghi nhận. Các loài Curcuma ghi nhận ở Việt Nam có mặt ở cả 3 phân chi, nhưng dường như tập trung chủ yếu tại phân chi Ecomata. Mối quan hệ phát sinh loài của Curcuma ở Việt Nam được hỗ trợ tốt và rõ ràng bởi dữ liệu phân tử.

Từ khóa

Phát sinh loài phân tử; Curcuma; Đơn phát sinh; Zingiberaceae; Việt Nam

Toàn văn:

PDF (English)

Tài liệu tham khảo

[1] W. J. Kress, L. M. Prince, and K. J. Williams, “The phylogeny and a new classification of the gingers (Zingiberaceae): evidence from molecular data,” American Journal of Botany, vol. 89, pp. 1682-1696, 2002.

[2] D. Wu and L. Kai, “Caprifoliaceae” in Flora of China vol. 24, Z. Y. Wu, P. H. Raven, and D. Y. Hong, Eds, Missouri Botanical Garden Press, St. Louis and Science Press, Beijing, 2000, pp. 322–377.

[3] J. Leong-Škorničková, O. Šída, V. Jarolímová, M. Sabu, T. Fér, P. Trávnícek, and J. Suda, “Chromosome numbers and genome size variation in Indian species of Curcuma (Zingiberaceae),” Annals of Botany, vol. 100, pp. 505-526, 2007.

[4] J. Leong-Škorničková, O. Šída, E. Záveská, and K. Marhold, “History of infrageneric classification, typification of supraspecific names, and outstanding transfers in Curcuma (Zingiberaceae),” Taxon, vol. 64, pp. 362-373, 2015.

[5] E. Záveská, T. Fér, O. Šída, K. Krak, K. Marhold, and J. Leong-Škorničková, “Phylogeny of Curcuma (Zingiberaceae) based on plastid and nuclear sequences: Proposal of the new subgenus Ecomata,” Taxon, vol. 61, pp. 747-763, 2012.

[6] H. T. Nguyen, N. A. Nguyen, L. Averyanov, D. D. Nguyen, and C. T. Le, “Curcuma tuanii (Zingiberaceae) a new species of subgenus Ecomata from northern Vietnam based on morphological and molecular evidence,” Acta Botanica Brasilica, vol. 37, 2023, Art. no. e20230028.

[7] P. H. Ho, An Illustrated Flora of Vietnam 3. Youth Publishing House, Ho Chi Minh City, 2000.

[8] L. Gui, S. Jiang, D. Xie, L. Yu, Y. Huang, Z. Zhang, and Y. Liu, “Analysis of complete chloroplast genomes of Curcuma and the contribution to phylogeny and adaptive evolution,” Gene, vol. 732, 2020, Art. no. 14435.

[9] J. Leong-Škorničková, N. S. Ly, and Q. B. Nguyen, “Curcuma arida and C. sahuynhensis, two new species from subgenus Ecomata (Zingiberaceae) from Vietnam,” Phytotaxa, vol. 192, pp. 181-189, 2015.

[10] H. T. Luu, H. D. Tran, T. Q. T. Nguyen, and J. Leong-Škorničková, “Curcuma cotuana sp. nov. (Zingiberaceae: Zingibereae) from central Vietnam,” Nordic Journal of Botany, vol. 35, pp. 552-556, 2017.

[11] Q. B. Nguyen, A. T. Hoang, V. D. Nguyen, T. V. T. Tran, P. H. Nguyen, M. C. Nguyen, and T. T. Nguyen, “A new record species for flora of Vietnam Curcuma singularis Gagnep. (Zingiberaceae),” VNU Journal of Science: Natural Sciences and Technology, vol. 33, pp. 25-29, 2017.

[12] D. D. Nguyen, T. A. Le, Q. H. Hoang, Q. T. Le, and E. Nguyen, “Two new taxa of Curcuma sect. Ecomata (Zingiberaceae: Zingibereae), from coastal Central Vietnam,” Biodiversitas, vol. 23, pp. 2512-2519, 2022.

[13] H. T. Van, D. T. Tran, V. S. Le, P. N. Nguyen, H. T. Luu, H. D. Tran, and N. N. Trinh, “DNA barcode of two Curcuma species newly described from Vietnam,” Journal of Science and Technology – Industrial University of Ho Chi Minh city, vol. 59, pp. 30-38, 2022.

[14] M. Kearse, R. Moir, A. Wilson, S. Stones-Havas, M. Cheung, S. Sturrock, S. Buxton, A. Cooper, S. Markowitz, C. Duran, T. Thierer, B. Ashton, P. Meintjes, and A. Drummond, “Geneious basic: an integrated and extendable desktop software platform for the organization and analysis of sequence data,” Bioinformatics, vol. 28, pp. 1647-1649, 2012.

[15] M. A. Miller, W. Pfeiffer, and T. Schwartz, “Creating the CIPRES Science Gateway for inference of large phylogenetic trees,” In: Proceedings of the Gateway Computing Environments workshop (GCE), New Orleans, USA, Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE), 2010, pp. 1-8.

[16] D. M. Hillis and J. J. Bull, “An empirical test of bootstrapping as a method for assessing confidence in phylogenetic analysis,” Systematic Biology, vol. 42, pp. 182-192, 1993.

[17] A. Stamatakis, “RAxML-VI-HPC, maximum likelihood-based phylogenetic analyses with thousands of taxa and mixed models,” Bioinformatics, vol. 2221, pp. 2688-2690, 2006.

[18] D. Darriba, G. L. Taboada, R. Doallo, and D. Posada, “jModelTest 2: more models, new heuristics and parallel computing,” Nature Methods, vol. 9, 2012, Art. no. 772.

[19] F. Ronquist, M. Teslenko, P. van der Mark, D. L. Ayres, A. Darling, S. Höhna, B. Larget, L. Liu, M. A. Suchard, and J. P. Huelsenbeck, “MrBayes 3.2: Efficient Bayesian phylogenetic inference and model choice across a large model space,” Systematic Biology, vol. 61, pp. 539-542, 2012.

[20] A. Rambaut, M. A. Suchard, D. Xie, and A. J. Drummond, “Tracer v.1.6,” 2014. [Online]. Available: http://tree.bio.ed.ac.uk/software/tracer. [Accessed Arp. 2023].

[21] A. Rambaut, “FigTree v.1.4,” 2009. [Online]. Available: http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/. [Accessed Dec. 21, 2009].

[22] D. L. Swofford, “PAUP*: Phylognetic analysis using parsimony (* and other methods), ver. 4.0.b10,” Sunderland: Sinauer Associates, 2002.

[23] V. Manzanilla, A. Kool, N. L. Nguyen, V. H. Nong, T. T. H. Le, and H. De Boer, “Phylogenomics and barcoding of Panax: Toward the identification of ginseng species,” BMC Evolutionary Biology, vol. 18, pp. 1-14, 2018.

[24] C. T. Le, “Molecular phylogeny of Macrosolen (Blume) Rchb. (Loranthaceae) from Vietnam based on molecular data,” TNU Journal of Science and Technology, vol. 227, pp. 261-267, 2022.

[25] H. T. Vu, Q. L. Vu, T. D. Nguyen, N. Tran, T. C. Nguyen, P. N. Luu, D. D. Tran, T. K. Nguyen, and L. Le, “Genetic Diversity and Identification of Vietnamese Paphiopedilum Species Using DNA Sequences,” Biology, vol. 9, p. 9, 2020.

[26] E. Záveská, T. Fér, O. Šída, J. Leong-Škorničková, M. Sabu, and K. Marhold, “Genetic diversity patterns in Curcuma reflect differences in genome size,” Botanical Journal of the Linnean Society, vol. 165, pp. 388-401, 2011.

DOI: https://doi.org/10.34238/tnu-jst.9341

Các bài báo tham chiếu

Hiện tại không có bài báo tham chiếu



Ghi nhớ