PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ GENE rbcL VÀ ndhF PHÂN LẬP TỪ MẪU CÂY CẨM CÙ LỘC PHỤC VỤ ĐỊNH DANH LOÀI | Ngà | TNU Journal of Science and Technology

PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ GENE rbcL VÀ ndhF PHÂN LẬP TỪ MẪU CÂY CẨM CÙ LỘC PHỤC VỤ ĐỊNH DANH LOÀI

Thông tin bài báo

Ngày nhận bài: 18/03/25                Ngày hoàn thiện: 17/07/25                Ngày đăng: 17/07/25

Các tác giả

1. Nguyễn Thị Thu Ngà Email to author, Trường Đại học Sư phạm – ĐH Thái Nguyên
2. Nguyễn Thị Thu Hằng, Trường Đại học Sư phạm – ĐH Thái Nguyên
3. Phạm Thị Ngọc Ánh, Trường Đại học Sư phạm – ĐH Thái Nguyên
4. Trần Thị Hồng, Trường Đại học Sư phạm – ĐH Thái Nguyên
5. Nguyễn Vũ Bão, Trường Đại học Sư phạm – ĐH Thái Nguyên
6. Manivanh Yongsa, Trường Đại học Sư phạm – ĐH Thái Nguyên
7. Sỹ Danh Thường, Trường Đại học Sư phạm – ĐH Thái Nguyên
8. Chu Hoàng Mậu, Trường Đại học Sư phạm – ĐH Thái Nguyên

Tóm tắt


Cẩm cù lộc (Hoya lockii) là loài cây đặc hữu, có nhiều giá trị sử dụng và có tác dụng trong y học. Đây là loài được xếp vào sách đỏ cần được bảo tồn có nguy cơ tuyệt chủng (số cá thể ngoài tự nhiên dưới 50).Việc phân tích mẫu gene, định danh loài, đề xuất sử dụng mã vạch là việc làm cần thiết để bảo tồn và lưu giữ mẫu thực vật quý. Trong nghiên cứu này, chúng tôi sử dụng phần mềm BLAST, BioEdit, MEGA11 để xác định vùng gene và xây dựng cây phát sinh chủng loại loài nghiên cứu. Trình tự gene rbcL và ndhF có kích thước lần lượt là 1428 bp và 1519 bp được lấy từ hệ gene lục lạp của cây Cẩm cù lộc, so sánh với 17 loài có độ tương đồng cao trên ngân hàng gene quốc tế NBCI. Kết quả phân tích cho thấy, loài Cẩm cù lộc có quan hệ gần gũi với 4 loài Hoya hamiltoniorum, Hoya exilis, Hoya dimorpha, Hoya megalaster. Khi sử dụng chỉ thị rbcL, độ tin cậy đạt 80%, chỉ thị ndhF cho tỷ lệ đạt 98%. Với kết quả này, chỉ thị ndhF được đề xuất sử dụng như một ứng cử viên mã vạch cho quá trình nhận diện loài H. lockii, đồng thời cung cấp thêm dẫn liệu nghiên cứu về một mã vạch tiềm năng cho quá trình phân tích phát sinh loài ở thực vật.

Từ khóa


Cẩm cù lộc; Mã vạch DNA; rbcL; ndhF; Định danh

Toàn văn:

PDF

Tài liệu tham khảo


[1] P. Van and L. V. Averyanov, “New species from Vietnam - Hoya lockii (Apocynaceae, Asclepiadoideae),” Taiwania, vol. 57, no. 1, pp. 49-54, 2012.

[2] International Union for Conservation of Nature, “IUCN Red List,” 2014. [Online]. Available: http://archive.nationalredlist.org/files/2014/10/20130509123300-iucnredlist.png. [Accessed March 6, 2025]

[3] Vietnam Plant Data Center, “New species discovery - Hoya lockii (Apocynaceae, Asclepiadoideae) in Vietnam,” 2012. [Online]. Available: https://www.botanyvn.com/cnt.asp?param=news&newsid=1443. [Accessed March 6, 2025].

[4] M. D. Logacheva, A. A. Penin, T. H. Samigullin, C. M. Vallejo-Roman, and A. S. Antonov, “Phylogeny of flowering plants by the chloroplast genome sequences: in search of a “lucky gene”,” Biochemistry (Moscow), vol. 72, pp. 1324–1330, 2007.

[5] W. J. Kress, “Plant DNA barcodes: Applications today and in the future,” Journal of Systematics and Evolution, vol. 55, no. 4, pp. 291-307, 2017.

[6] M. Manoj, J. Pavankumar, and C. H. A. Kumar, “DNA barcoding analysis and phylogenetic relationships of Indian wild coffee species,” Urkish Journal of Botany, vol. 46, no. 2, pp. 109-122, 2022.

[7] L. Jiao, T. He, E. E. Dormontt, Y. Zhang, A. J. Lowe, and Y. Yin, “Applicability of chloroplast DNA barcodes for wood identification between Santalum album and its adulterants,” Holzforschung, vol. 73, no. 2, pp. 209-218, 2019.

[8] R. E. Spangler and R. G. Olmstead, “Phylogenetic Analysis of Bignoniaceae Based on the cpDNA Gene Sequences rbcL and ndhF,” Annals of the Missouri Botanical Garden, vol. 86, no. 1, pp. 33-46, 1999.

[9] M. Backlund, B. Oxelman, and B. Bremer, “Phylogenetic relationships within the Gentianales based on rbcL and ndhF sequences, with particular reference to the Loganiaceae,” American Journal of Botany, vol. 87, no. 7, pp. 1029-1043, 2000.

[10] R. A. Levin, W. L. Wagner, P. C. Hoch, M. Nepokroeff, J. C. Pires, E. A. Zimmer, and K. J. Sytsma, “Family-level relationships of Onagraceae based on chloroplast rbcL and ndhF data,” American Journal of Botany, vol. 90, no. 1, pp. 107-15, 2003.

[11] S. Jo, C. H. Mau, M. Yongsa, C. Lee, N. H. Quan, S. D. Thuong, and N. T. T Nga, “Hoya lockii chloroplast, complete genome,” ncbi.nlm.nih.gov, Feb. 1, 2024. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ NC_085235.1/. [Accessed March 8, 2025].

[12] M. Rodda and M. A. Niissalo, “Hoya hamiltoniorum chloroplast, partial genome,” ncbi.nlm.nih.gov, July 21, 2021. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MW719068.1. [Accessed March 8, 2025].

[13] W. O. Odago, “Hoya radicalis chloroplast, complete genome,” ncbi.nlm.nih.gov, Apr. 3, 2023. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_067961.1. [Accessed March 8, 2025].

[14] M. Rodda and M. A. Niissalo, “Hoya verticillata chloroplast, partial genome,” ncbi.nlm.nih.gov, July 21, 2021. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MW719071.1. [Accessed March 8, 2025].

[15] W. O. Odago, “Wattakaka volubilis chloroplast, complete genome,” ncbi.nlm.nih.gov, Apr. 3, 2023. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_067964.1. [Accessed March 8, 2025].

[16] W. O. Odago, “Hoya meliflua chloroplast, complete genome,” ncbi.nlm.nih.gov, Apr. 3, 2023. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_069571.1. [Accessed March 8, 2025].

[17] W. O. Odago, “Hoya liangii chloroplast, complete genome,” ncbi.nlm.nih.gov, Oct. 17, 2022. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/OL826865.1. [Accessed March 8, 2025].

[18] W. O. Odago, “Hoya angustifolia chloroplast, complete genome,” ncbi.nlm.nih.gov, Apr. 3, 2023. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_069566.1. [Accessed March 8, 2025].

[19] X. H. Tan, J. H. Wang, K. K. Zhao, Z. X. Zhu, and H. F. Wang, “Hoya pottsii chloroplast, complete genome,” ncbi.nlm.nih.gov, Apr. 3, 2023. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ nuccore/NC_042246.1. [Accessed March 8, 2025].

[20] W. O. Odago, “Hoya ovalifolia chloroplast, complete genome,” ncbi.nlm.nih.gov, Apr. 3, 2023. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_069563.1. [Accessed March 8, 2025].

[21] W. O. Odago, “Hoya lacunosa chloroplast, complete genome,” ncbi.nlm.nih.gov, Apr. 3, 2023. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_069564.1. [Accessed March 8, 2025].

[22] W. O. Odago, “Hoya kerrii chloroplast, complete genome,” ncbi.nlm.nih.gov, Apr. 3, 2023. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_069570.1. [Accessed March 8, 2025].

[23] M. Rodda, “Hoya diversifolia chloroplast, partial genome,” ncbi.nlm.nih.gov, July 21, 2021. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MW719073.1. [Accessed March 8, 2025].

[24] M. Rodda, “Hoya exilis chloroplast, complete genome,” ncbi.nlm.nih.gov, July 21, 2021. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MW719054.1. [Accessed March 8, 2025].

[25] W. O. Odago, “Hoya dimorpha chloroplast, complete genome,” ncbi.nlm.nih.gov, Apr. 3, 2023. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_067959.1. [Accessed March 8, 2025].

[26] M. Rodda and M. A. Niissalo, “Hoya megalaster chloroplast, complete genome,” ncbi.nlm.nih.gov, July 21, 2021. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MW719063.1. [Accessed March 8, 2025].

[27] M. A. Niissalo and M. Rodda, “Jasminanthes maingayi chloroplast, complete genome,” ncbi.nlm.nih.gov, July 21, 2021. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ MW719056.1. [Accessed March 8, 2025].

[28] S. C. Straub, R. C. Cronn, C. Edwards, M. Fishbein, and A. Liston, “Astephanus triflorus plastid, partial genome,” ncbi.nlm.nih.gov, July 26, 2016. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ KF539847.1. [Accessed March 8, 2025].

[29] M. A. Niissalo and M. Rodda, “Hoya lithophytica chloroplast, complete genome,” ncbi.nlm.nih.gov, July 21, 2021. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MW719058.1/. [Accessed March 8, 2025].

[30] M. A. Niissalo and M. Rodda, “Hoya coronaria chloroplast, partial genome,” ncbi.nlm.nih.gov, July 21, 2021. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MW719064.1. [Accessed March 8, 2025].

[31] W. O. Odago, “Hoya griffithii chloroplast, complete genome,” ncbi.nlm.nih.gov, Apr. 3, 2023. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_069565.1. [Accessed March 8, 2025].

[32] W. O. Odago, “Hoya thomsonii chloroplast, complete genome,” ncbi.nlm.nih.gov, Apr. 3, 2023. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_067612.1. [Accessed March 8, 2025].

[33] W. O. Odago, “Hoya longifolia chloroplast, complete genome,” ncbi.nlm.nih.gov, Apr. 3, 2023. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_069560.1. [Accessed March 8, 2025].

[34] M. A. Niissalo and M. Rodda, “Hoya omlorii chloroplast, complete genome,” ncbi.nlm.nih.gov, July 21, 2021. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MW719060.1. [Accessed March 8, 2025].

[35] M. Rodda and M. A. Niissalo, “Hoya monetteae chloroplast, complete genome,” ncbi.nlm.nih.gov, July 21, 2021. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MW719053.1. [Accessed March 8, 2025].

[36] M. Rodda and M. A. Niissalo, “Papuahoya urniflora chloroplast, complete genome,” ncbi.nlm.nih.gov, July 21, 2021. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ MW719062.1. [Accessed March 8, 2025].

[37] M. A. Niissalo and M. Rodda, “Dischidia parasita chloroplast, complete genome,” ncbi.nlm.nih.gov, July 21, 2021. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MW719057.1. [Accessed March 8, 2025].

[38] C. Liang, J. Xu, and S. Chen, “Gymnema sylvestre chloroplast, complete genome,” ncbi.nlm.nih.gov, Apr. 3, 2023. [Online]. Available: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_047175.1. [Accessed March 8, 2025].

[39] T. P. T. Nguyen, “rbcL DNA region revealed as the best DNA barcode for identification of Mahonia and Berberis species (Berberidaceae),” Academia Journal of Biology, vol. 43, no. 3, pp. 1–8, 2021, doi: 10.15625/2615-9023/15888.

[40] H. Duan, W. Wang, Y. Zeng, M. Guo, and Y. Zhou, “The screening and identification of DNA barcode sequences for Rehmannia,” Scientific Reports, vol. 9, 2019, Art. no. 17295.

[41] L. Huili, X. Wenjun, T. Tie, L. Yongliang, Z. Meng, L. Xiaoxia, Z. Xiaoxiao, W. Qun, and G. Xinhong, “The specific DNA barcodes based on chloroplast genes for species identification of Orchidaceae plants,” Scientific Reports, vol. 11, 2021, Art. no. 1424.

[42] X. Tianyi, L. Ranjun, L. Qian, L. Yulin, L. Hai, S. Wei, G. Meng, Z. Jiayu, and S. Jingyuan, “Application of DNA barcoding to the entire traditional Chinese medicine industrial chain: A case study of Rhei Radix et Rhizoma,” Phytomedicine, vol. 105, 2022, Art. no. 154375.




DOI: https://doi.org/10.34238/tnu-jst.12338

Các bài báo tham chiếu

  • Hiện tại không có bài báo tham chiếu
Tạp chí Khoa học và Công nghệ - Đại học Thái Nguyên
Phòng 408, 409 - Tòa nhà Điều hành - Đại học Thái Nguyên
Phường Tân Thịnh - Thành phố Thái Nguyên
Điện thoại: 0208 3840 288 - E-mail: jst@tnu.edu.vn
Phát triển trên nền tảng Open Journal Systems
©2018 All Rights Reserved