Chia sẻ bài báo qua Email ỨNG DỤNG MỘT SỐ PHẦN MỀM PHÂN TÍCH MÃ VẠCH DNA ĐỂ ĐỊNH DANH CÂY DƯỢC LIỆU
Thông tin bài báo
Ngày nhận bài: 14/04/20 Ngày hoàn thiện: 08/06/20 Ngày đăng: 11/06/20Các tác giả
Vũ Thị Như Trang
, Trường Đại học Y Dược - ĐH Thái Nguyên
Tóm tắt
Định danh cây dược liệu bằng mã vạch DNA ngày càng phổ biến do tính chính xác cao. Để định danh được bằng mã vạch DNA, các nhà nghiên cứu thường sử dụng các phần mềm máy tính giúp phân tích, so sánh trình tự DNA của mẫu nghiên cứu với các trình tự có sẵn trên Genbank. Do dữ liệu trình tự gen được công bố tăng nhanh về số lượng nên để tiến hành phân tích hiệu quả các dữ liệu này, các phần mềm cần phải dễ sử dụng, có khả năng tính toán nhanh, chính xác và cung cấp nhiều phương pháp thống kê khác nhau. Trong nhóm các phần mềm này thì ba phần mềm BLAST trong NCBI, BioEdit v7.0.5.2, MEGA 7 được sử dụng phổ biến nhất do đáp ứng được các yêu cầu trên. Bài báo giới thiệu ba phần mềm để định danh cây dược liệu với ví dụ minh họa là định danh mẫu Thổ nhân sâm (Talinum paniculatum) bằng mã vạch vùng ITS. Kết quả nghiên cứu của bài báo cho thấy quy trình phối hợp ba phần mềm để định danh cây dược liệu bằng DNA cho kết quả chính xác nhất.
Từ khóa
Toàn văn:
PDFTài liệu tham khảo
[1]. H. Ledford, “Botanical identities: DNA barcoding for plants comes a step closer,” Nature, vol. 451, pp. 451-616, 2008.
[2]. S. Chen, H. Yao, J. Han, C. Liu, J. Song, L. Shi, Y. Zhu, X. Ma, T. Gao, X. Pang, K. Luo, Y. Li, X. Li, X. Jia, Y. Lin, and C. Leon, “Validation of the ITS2 region as a novel DNA barcode for identifying medicinal plant species,” PLoS One, vol. 5, no. 1, p. e8613, 2010.
[3]. Y. Zuo, Z. Chen, K. Kondo, T. Funamoto, J. Wen, and S. Zhou, “DNA barcoding of Panax species,” Planta Med, vol. 77, no. 2, pp. 182-187, 2011.
[4]. T. H. Le, N. L. Nguyen, M. M. Bui, H. H. Ha, T. T. H. Huynh, V. H. Nong, V. H. Ha, and T. T. H. Le, “Application of DNA barcodes in identification of ginseng samples in the genus Panax L.,” Viet Nam Journal of Biotechnology, vol. 15, no. 1, pp. 63-72, 2017.
[5]. T. D. Nguyen, Q. N. Nguyen, N. L. Tran, T. T. Nguyen, T. P. Ninh, T. T. N. Doan, T. T. H. Le, and N. L. Nguyen, “Morphological characteristics and DNA barcodes of one-leafed seven-flowered tree, Paris vietnamensis (Takht.) H.li, in Vietnam,” Vietnam Journal of Agricultural Sciences- VJAS, vol. 16, no. 4, pp. 282-289, 2017.
[6]. T. N. T. Vu, M. T. Ho, V. S. Le, T. T. Nguyen, and H. M. Chu, “Morphological characteristics of Talinum paniculatum, and nucleotide sequences of ITS region, rpoC1 and rpoB genes,” Viet Nam Journal of Biotechnology, vol. 16, no. 3, pp. 451- 458, 2018.
[7]. S. F. Altschul, W. Gish, W. Miller, E. W. Myers, and D. J. Lipman, “Basic local alignment search tool,” J. Mol Biol, vol. 215, no. 3, pp. 403-410, 1990.
[8]. Wikipedia, “BLAST,” 2020. [Online]. Available: https://vi.wikipedia.org/wiki/BLAST [Accessed May 30, 2020].
[9]. Biological Journal, “Compare sequences - BLAST online”, 2020. [Online]. Available: https://tapchisinhhoc.com/so-sanh-trinh-tu-blast-online.html/. [Accessed April 09, 2020].
[10]. T. A. Hall, “BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT,” Nucl. Acids. Symp. Ser., vol. 41, pp. 95-98, 1999.
[11]. S. Kumar, K. Tamura, and M. Nei, “MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis software for microcomputers,” Comput Appl Biosci., vol. 10, no. 2, pp. 189-191, 1994.
[12]. Biology of Vietnam, “Build phylogenetic tree easily with BLAST-MEGA”, 2020. [Online]. Available: https://sinhhocvietnam.com/xay-dung-cay-phat-sinh-loai-de-dang-voi-blast-MEGA/. [Accessed April 09, 2020]
[13]. S. Kumar, G. Stecher, and K. Tasuma, “MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets,” Mol Biol Evol, vol. 33, pp. 1870 – 1874, 2016.
Các bài báo tham chiếu
- Hiện tại không có bài báo tham chiếu